Vláda Slovenskej republiky od 4. júla 2006 do 8. júla 2010

Jedným z prvých krokov nového ministra bolo zrušenie poplatkov.

20. septembra 2006, predseda Lekárskeho odborového združenia Marián Kollár oznámil, že LOZ končí štrajkovú pohotovosť. Podľa dohody s ministrom Ivanom Valentovičom sa dohodli na ukončení transformácie nemocníc, ktorú začala predchádzajúca vláda a neurčitom zvýšení finančných prostriedkov do zdravotníctva.

V ďalšom období ministerstvo nepredstavilo ďalšiu koncepciu pre svoj rezort, objavovali sa len rôzne návrhy vedúce k oslabeniu voľného trhu v sektore. Jedným z najväčších zásahov do systému je snaha o násilné prepoistenie troch miliónov poistencov alebo zrušenie systému pluralitného zdravotného poistenia.

V programovom vyhlásení vlády bol avizovaný vznik fondu na financovanie zvlášť náročných výkonov. Podľa ministra by mal fond slúžiť na financovanie transplantácií, drahej liečby a ďalších výkonov. Tento návrh bol podrobený kritike ekonómov, keďže by tak ministerstvo získalo kontrolu nad 14 miliardami Sk, ktoré dnes prerozdeľujú poisťovne. Tým, že by nebolo jasne určené na aké diagnózy sú peniaze z fondu používané by sa údajne vytváral priestor na korupciu.

Minister Štefan Harabin sa od svojho nástupu do funkcie zameral na zvrátenie zmien, ktoré zaviedlo ministerstvo v predchádzajúcom období. Snažil sa o zrušenie Špeciálneho súdu a Úradu špeciálnej prokuratúry s tým, že obe tieto inštitúcie sú protiústavné. Napriek svojmu názoru neinicioval podanie na Ústavný súd.

V októbri 2006 v priebehu dvoch dní odvolal sedem predsedov krajských či okresných súdov. O svoje funkcie prišli predsedovia krajských súdov v Bratislave (Darina Kuchtová), v Banskej Bystrici (Ľudovít Bradáč) a v Žiline (Róbert Urban). Minister odvolával aj predsedov okresných súdov – v Žiline Petra Hrnčiara, vo Veľkom Krtíši Milana Ružičku, v Dolnom Kubíne Petra Bebeja a v Bratislave Gabrielu Sobolovskú. Minister tak údajne urobil na základe výsledkov kontroly Najvyššieho kontrolného úradu, podnetov od ombudsmana, občanov a výsledkov kontroly – v odvolacích dekrétoch však neuviedol žiadne dôvody. Podľa Daniela Lipšica však išlo najmä o ľudí, ktorí sa verejne vyjadrili za zachovanie Špeciálneho súdu a boli protagonistami súdnej reformy.