Klasifikace eukaryot

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2019. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]

Systém dle Adla a kol.

Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes[2], který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005[3] a 2012 [4][5]. Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).

Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).[2][6]

Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.


DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Amoebozoa
  • Amoebozoa Lühe 1913, sensu Cavalier-Smith 1998 – měňavkovci
    Amoebozoa: Vlčí mléko červené (Myxogastria)
    • Tubulinea Smirnov et al. 2005 [=Lobosea Cavalier-Smith 2004[7]] – lalokonozí
      • Corycida Kang et al. 2017
      • Echinamoebida Cavalier-Smith 2004
      • Elardia Kang et al. 2017
        • Leptomyxida Pussard & Pons 1976 sensu Smirnov et al. 2017
        • Arcellinida Kent 1880 – krytenky
          • Sphaerothecina Kosakyan 2016
          • Difflugina Meisterfeld 2002 sensu Kosakyan et al. 2016
          • Heleopera sphagni Leidy 1874
          • Phryganellina Bovee 1985
        • Euamoebida Lepşi 1960 sensu Smirnov et al. 2011
    • Evosea Kang et al. 2017
      • Variosea Cavalier-Smith et al. 2004
        • Flamellidae Cavalier-Smith 2016
        • Filamoeba Page 1967
        • Heliamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Protosteliida Olive & Stoianovitch 1966 sensu Shadwick et Spiegel in Adl et al. 2012 – protostelidy
        • Fractovitellida Lahr et al. 2011, sensu Kang et al. 2017
          • Acramoebidae Smirnov, Nassonova & Cavalier-Smith 2008
          • Schizoplasmodiidae Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
          • Soliformoviidae Lahr & Katz 2011
        • Angulamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Cavosteliida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
        • Ischnamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Darbyshirella Berney, Bass & Geisen 2015
        • Holomastigida Lauterborn 1895
        • Dictyamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Arboramoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Phalansterium Cienkowski 1870
      • Eumycetozoa Zopf 1884 sensu Kang et al. 2017 – hlenky
        • Dictyostelia Lister 1909, sensu Sheikh et al. 2018 – diktyostelidy
        • Myxogastria Macbride 1899 [Myxomycetes Link 1833, sensu Haeckel 1866] – pravé hlenky
          • Lucisporidia Cavalier-Smith 2013
          • Columellidia Cavalier-Smith 2015
        • Protosporangiida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
          • Protosporangiidae Spiegel in Adl et al. 2012
          • Ceratiomyxa Schroeter 1889
      • Cutosea Cavalier-Smith et al. 2016
      • Archamoebea Cavalier-Smith 1983 sensu Cavalier-Smith et al. 2004 – panoženky
        • Mastigamoebida Frenzel 1897 sensu Cavalier-Smith 2013
        • Pelobiontida Page 1976 sensu Cavalier-Smith 2013
        • Tricholimax Frenzel 1897
        • Entamoeba Casagrandi & Barbagallo 1895
        • Rhizomastix Alexeieff 1911
    • Discosea Cavalier-Smith et al. 2004 sensu Smirnov et al. 2011
      • Flabellinia Smirnov et al. 2005
        • Thecamoebida Schaeffer 1926 sensu Smirnov et al. 2011
        • Dermamoebida Cavalier-Smith 2004
        • Mycamoeba Blandenier et al. 201718
        • Dactylopodida Smirnov et al. 2005 sensu Kang et al. 2017
        • Vannellida Smirnov et al. 2005
      • Stygamoebida Smirnov et al. 2011 (P)
      • Centramoebia Cavalier-Smith et al. 2016
        • Acanthopodida Page 1976
        • Pellitida Smirnov & Cavalier-Smith 2011 sensu Kang et al. 2017
        • Himatismenida Page 1987

Obazoa
  • Obazoa Brown et al. 2013
    • Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989 – apusomonády
    • Breviatea Cavalier-Smith & 2004
    • Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005
      • Holozoa Lang et al. 2002
        Metazoa: Babočka paví oko (Lepidoptera)
        • Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 [Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002] – plísňovky
          • Dermocystida Cavalier-Smith 1998 [Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001]
          • Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 [Ichthyophonae Mendoza et al. 2001; Amoebidiidae Reeves 2003]
        • Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008
        • Choanozoa Brunet & King 2017 [Choanozoa Cavalier-Smith et al. 1991]
          • Choanoflagellata Kent 1880–1882 [Craspedomonadina Stein 1878; Craspedomonadaceae Senn 1900; Craspedophyceae Chadefaud 1960; Craspédomonadophycidées Bourrelly 1968; Craspedomonadophyceae Hibberd 1976; Choanomonadea Krylov et al. 1980; Choanoflagelliida Lee, Hutner & Bovee 1985; Choanoflagellatea Cavalier-Smith 1997 emend. Cavalier-Smith 1998; Choanomonada Adl et al. 2005] – trubénky
            • Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
              • Salpingoecidae Kent 1880–1882, emend. sensu Nitsche et al. 2011
            • Acanthoecida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
              • Acanthoecidae Norris 1965, emend. sensu Nitsche et al. 2011
              • Stephanoecidae Leadbeater 2011
          • Metazoa Haeckel 1874, emend. Adl et al. 2005 [Animalia Linnaeus 1758; Eumetazoa Bütschli 1910] – živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů)
            • Porifera Grant 1836 [Parazoa Sollas 1884] – houbovci, (živočišné) houby
              • Hexactinellida Schmidt 1870 – křemití, křemitky
                • Amphidoscophora Schulze 1886
                • Hexasterophora Schmidt, 1870
              • Demospongiae Sollas 1885 – rohovití
                • Verongimorpha Erpenbeck, Sutcliffe, De Cook, Dietzel, Maldonado, van Soest, Hooper & Wörheide 2012
                • Keratosa Grant 1861
                • Heteroscleromorpha Cárdenas, Pérez & Boury-Esnault, 2012
              • Homoscleromorpha Bergquist 1978 – plakiny
              • Calcarea Bowerbank 1862 [Calcispongia Johnston 1842] – vápenatí
                • Calcinea Bidder 1898
                • Calcaronea Bidder, 1898
            • Trichoplax von Schulze 1883 [Placozoa Grell 1971] – vločkovci
      • Nucletmycea Brown et al. 2009 [=Holomycota Liu et al. 2009]
        Fungi: Muchomůrka červená (Agaricomycetidae)
        • Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae Karpov & Aleoshin 2017
        • Rotosphaerida Rainer 1968 [junior syn. Cristidiscoidida Page 1987, Cavalier-Smith 1993, 1998; Nucleariidae Patterson 1983, 1999]
        • Fungi R.T. Moore 1980 – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
          • Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov 2014 (P)[8][9][10]
            • Aphelidea Gromov 2000 [=Aphelidida Gromov 2000; =Aphelidiomyceta Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycota Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycotina Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycetes Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiaceae Tedersoo et al. 2018] – afelidie
            • Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011 [=Rozellida Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014; =Rozellomycota Doweld 2013; =Rozellosporidia Karpov et al. 2017; =Rozellomycotina Tedersoo et al. 2018]
            • Microsporidia Balbiani 1882 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
          • Blastocladiales Petersen 1909 [=Blastocladiineae Petersen 1909; Blastocladiomycota T. Y. James 2007; Blastocladiomycetes T. Y. James 2007]
          • Chytridiomycota Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 – chytridiomycety
            • Chytridiomycetes de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007
              • Caulochytriales Doweld 2014
              • Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011
              • Cladochytriales Mozl.-Standr. 2009
              • Gromochytriales Karpov & Aleoshin 2014
              • Lobulomycetales D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012
              • Mesochytriales Doweld 2013
              • Polychytriales Longcore & D.R. Simmons 2012
              • Polyphagales Doweld 2014
              • Rhizophydiales Letcher 2006, emend. Letcher 2008
              • Rhizophlyctidales Letcher 2008
              • Spizellomycetales D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983
              • Synchytriales Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016
          • Dikarya Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018
            • Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes Begerow et al., 2007 [=Entorrhizaceae R. Bauer & Oberw. 1997; =Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997; =Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007; =Entorrhizomycota R. Bauer et al. 2015; =Entorrhizomycotina Tedersoo et al. 2018]
            • Ascomycota Cavalier-Smith 1998 – houby vřeckovýtrusé
              • Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 [=Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011; =Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011]
                • Neolecta Spegazzini 1881 [=Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997; =Neolectales Landvik et al. 1997; =Neolectaceae Redhead 1977]
                • Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 [=Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994; =Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997; =Pneumocystidaceae]
                • Schizosaccharomyces Lindner, 1893 [=Schizosaccharomycetaceae Beij. ex Klöcker 1905; Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993; =Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – kvasinkotvaré
                • Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 [=Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
              • Saccharomycetales Kudryavtsev 1960 [=Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997; =Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997] – pravé kvasinky
              • Pezizomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997
                • Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksw. & O. E. Eriksson 1986 [=Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – artoniotvaré
                • Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997, emend. Geiser et al. 2006
                • Geoglossaceae Corda 1838, emend. Schoch et al. 2009 [=Geoglossales Zheng Wang et al. 2009; Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009]
                • Laboulbeniomycetes Engler 1898
                • Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001
                • Leotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Lichinales Henssen & Büdel 1986 [=Lichinomycetes Reeb et al. 2004]
                • Orbiliaceae Nannfeldt 1932 [=Orbiliales Baral et al. 2003; =Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003]
                • Pezizales J. Schröter 1894 [=Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
                • Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Xanthopyreniaceae Zahlbr. 1926 [=Collemopsidiales Pérez-Ortega et al. 2016; Collemopsidiomycetes Tedersoo et al. 2018]
                • Xylonomycetes R. Gazis & P. Chaverri 2012
            • Basidiomycota R. T. Moore 1980 – houby stopkovýtrusé
              • Agaricomycotina Doweld 2001
                • Agaricomycetes Doweld 2001 – houby rouškaté
                • Dacrymycetales Hennings 1898 [=Dacrymycetes Doweld 2001]
                • Tremellomycetes Doweld 2001 – houby mozkovité
              • Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 [=Urediniomycetes Swann & Taylor 1995]
                • Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 [=Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Classiculales R. Bauer et al. 2003 [=Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 [=Cryptomycocolacaceae Oberw. & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Mixia Kramer 1959 [=Mixiaceae C.L. Kramer 1987; =Mixiales R. Bauer et al. 2006; Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 – rzi
                • Spiculogloeaceae Denchev 2009 [=Spiculogloeales R. Bauer et al. 2006; =Spiculogloeomycetes Q.M. Wang et al. 2015]
                • Tritirachium Limber 1940 [=Tritirachiaceae Aime & Schell 2011; =Tritirachiales Aime & Schell 2011; =Tritirachiomycetes Aime & Schell 2011]
              • Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006
                • Exobasidiomycetes Begerow et al. 2007
                • Malassezia Baill. 1889 [=Malasseziales R.T. Moore 1980; =Malasseziaceae Denchev & R.T. Moore 2009; =Malasseziomycetes Boekhout et al. 2014]
                • Moniliella Stolk & Dakin, 1966 [=Moniliellaceae Q.M. Wang et al. 2014; =Moniliellales Q.M. Wang, et al. 2014; =Moniliellomycetes Q.M. Wang et al. 2014]
                • Ustilaginomycetes R. Bauer et al. 1997 – sněti
              • Wallemiomycotina Doweld 2014
                • Wallemia Johan-Olsen 1887 [=Wallemiaceae R.T. Moore 1996; =Wallemiales Zalar et al. 2005; =Wallemiomycetes Zalar et al. 2005]
                • Geminibasidiaceae H.D.T. Nguyen et al. 2013 [=Geminibasidiales H.D.T. Nguyen et al. 2013; =Geminibasidiomycetes H.D.T. Nguyen & Seifert 2015]
          • Monoblepharidomycetes J.H. Schaffn. 1909
          • Mucoromycota Doweld 2001 emend. Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Mucoromyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)[9]
            • Glomeromycotina C. Walker & A. Schüßler 2016
              • Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 [=Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011]
              • Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
                • Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
                • Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
                • Paraglomus J.B. Morton & D. Redecker 2001 [=Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001; =Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001; =Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011]
            • Mortierellaceae A. Fischer 1892 [Mortierellales Cavalier-Smith 1998; =Mortierellomycotina Kerst et al. 2011; =Mortierellomycetes Doweld 2014; =Mortierellomycota Tedersoo et al. 2018]
            • Mucoromycotina Benny 2007
              • Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979 [=Endogonomycetes Doweld 2014]
              • Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897 [=Mucoromycetes Doweld 2014] (P)
              • Umbelopsidales Spatafora, Stajich & Bonito 2016 [=Umbelopsidomycetes Tedersoo et al. 2018]
          • Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 [=Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993, =Neocallymastigacetes M. J. Powell 2007, =Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007]
          • Olpidium (A. Braun) Rabenh. 1868 [=Olpidiaceae J. Schröt. 1889; =Olpidiales Cavalier-Smith 2013; Olpidiomycota Doweld 2013; =Olpidiomycotina Doweld 2013; =Olpidiomyceta Tedersoo et al. 2018]
          • Zoopagomycota Gryganskyi, M.E. Smith, Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Zoopagomyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)[9]
            • Entomophthoromycotina Humber 2007
              • Basidiobolus Eidam 1886 [=Basidiobolomycetes Doweld 2001 emend. Humber 2012]
              • Entomophthorales G. Winter 1880 [=Entomophthoromycetes Humber 2012]
              • Neozygitaceae Ben-Ze’ev, R.G. Kenneth & Uziel 1987 [=Neozygitomycetes Humber 2012; =Neozygitales Humber 2012]
            • Zoopagales Bessey ex R.K. Benjamin 1979 [=Zoopagomycotina Benny 2007]
            • Kickxellomycotina Benny 2007
              • Asellariales Manier ex Manier & Lichtwardt 1978 [=Asellariaceae Manier ex Manier & Lichtw. 1968]
              • Dimargaritaceae R.K. Benjamin 1959 [=Dimargaritales R. K. Benjamin 1979]
              • Harpellales Lichtwardt & Manier 1978
              • Kickxellaceae Linder 1943 [=Kickxellales Kreisel ex R. K. Benjamin 1979]

Incertae sedis Diaphoretickes
Haptista: Slunivka Raphidiophrys contractilis (Centroplasthelida)
  • Microheliella Cavalier-Smith 2012
  • Ancoracysta Janouškovec et al. 2017
  • Rappemonads Kim et al. 2011 [Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis 2015] – rappemonády
  • Telonemia Shalchian-Tabrizi 2006 [Telonemea Cavalier-Smith 1993]
  • Picozoa Seenivasan et al. 2013 [Picobiliphytes Not et al. 2007; Picomonadea Seenivasan et al. 2013 emend. Cavalier-Smith 2017] – pikomonády
  • Haptista Cavalier-Smith 2003
    • Haptophyta Hibberd 1976, ex. Edvardsen & Eikrem 2000
      • Pavlovales Green 1976
      • Prymnesiophyceae Hibberd 1976
        • Prymnesiales Papenfuss 1955, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
        • Phaeocystales Medlin 2000
        • Isochrysidales Pascher 1910, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
        • Coccolithales Schwarz 1932, emend. Edvardsen & Eikrem 2000 – kokolitky
    • Centroplasthelida Febvre-Chevalier & Febvre 1984 [Centrohelea Kühn 1926 sensu Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012; Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987; ne však Centrohelida Kühn 1926 (polyfyletické vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky
      • Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae Shishkin & Zlatogursky 2018
      • Pterocystida Cavalier-Smith & von der Heyden 2007 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Raphidista Shishkin & Zlatogursky 2018
          • Choanocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
          • Raphidiophryidae Febvre-Chevalier & Febvre 1984 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Pterista Shishkin & Zlatogursky 2018
          • Oxnerellidae Cavalier-Smith & Chao 2012
          • Pterocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
          • Heterophryidae Poche 1913 emend. Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
      • Panacanthocystida Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Yogsothothidae Shishkin & Zlatogursky 2018
  • Cryptista Adl et al., 2019 [Cryptista Cavalier-Smith 1989, emend. 2018]
    • Palpitomonas Yabuki & Ishida 2010
    • Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012 [Cryptophyta Silva 1962; Cryptophyta Cavalier-Smith 1986] – skrytěnky
      • Cryptomonadales Pascher 1913
      • Cyathomonadacea Pringsheim 1944
      • Kathablepharidacea Skuja 1939 [Kathablepharidae Vørs 1992]

Archaeplastida
  • Archaeplastida Adl et al. 2005 – rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)
    Archaeplastida: Vratička měsíční (Polypodiopsida)
    • Glaucophyta Skuja 1954 [Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986] – glaukofyty
    • Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863 [Rhodophyta Wettstein 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
      • Cyanidiales T. Christensen 1962 [Cyanidiophyceae Merola et al. 1981; Cyanidiophyta Moehn ex Doweld 2001]
      • Proteorhodophytina Muñoz-Gómez et al. 2017
        • Compsopogonales Skuja 1939 [Compsopogonophyceae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
        • Porphyridiophyceae H. S. Yoon et al. 2006
        • Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 [Rhodellophytina Cavalier-Smith 1998]
        • Stylonematales K. Drew 1956 [Stylonematophyceae H.S. Yoon et al. 2006]
      • Eurhodophytina G.W.Saunders & Hommersand 2004
        • Bangiales Nägeli 1847 [Bangiophyceae A. Wettstein 1901]
        • Florideophycidae Cronquist 1960
          • Hildenbrandia Nardo 1834 [Hildenbrandiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
          • Nemaliophycidae Christensen 1978
          • Corallinophycidae L. Le Gall & G. W. Saunders 2007
          • Ahnfeltiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
          • Rhodymeniophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
    • Chloroplastida Adl et al. 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith 1981; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
      • Chlorophyta Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004
        • Ulvophyceae Mattox & Stewart 1984 (P) – porostovky
        • Trebouxiophyceae Friedl 1995 [Pleurastrophyceae Mattox et al. 1984; Microthamniales Melkonian 1990] (P?)
        • Chlorophyceae Christensen 1994 – zelenivky
        • Chlorodendrophyceae Fritsch 1917 [prasinophyte clade IV Nakayamaet al. 1998]
        • Pedinophyceae Moestrup 1991, emend. Fawley et al. in Adl et al. 2012
        • Chloropicophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017 [prasinophyte clade VII A & B Lopes dos Santos et al. 2017]
        • Picocystophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017
        • Pyramimonadales Chadefaud 1950 [prasinophyte clade I Nakayama et al. 1998]
        • Mamiellophyceae Marin & Melkonian 2010 [prasinophyte clade II Nakayama et al. 1998]
        • Nephroselmis Stein, 1878 [Nephroselmidophyceae Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011; prasinophyte clade III Nakayama et al. 1998]
        • Pycnococcaceae Guillard 1991 emend. Fawley 1999 [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae Melkonian 1990; prasinophyte clade V Fawley et al. 2000]
        • Palmophyllophyceae Leliaert et al. 2016
          • Palmophyllales Zechman et al. 2010
          • Prasinococcales Guillou et al. 2004, as in Leliaert et al. 2016 [prasinophyte clade VI Fawley et al. 2000]
      • Streptophyta Bremer & Wanntorp 1981 [Charophyta Migula 1897, emend. Karol et al. 2009; Charophyceae Smith 1938; Charophyceae Jeffrey 1967; Streptophyta Mattox & Stewart 1984] – streptofyty
        • Chlorokybus Geitler 1942 [Chlorokybophyceae Lewis & McCourt 2004]
        • Mesostigma Lauterborn 1894 [Mesostigmatophyceae Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004; Mesostigmata Turmel et al. 2002]
        • Klebsormidiophyceae van den Hoek et al. 1995
        • Phragmoplastophyta Lecointre & Guyander 2006
          • Zygnematophyceae van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009 – spájivky
          • Coleochaetophyceae Jeffrey 1982
          • Charophyceae Smith 1938, emend. Karol et al. 2009 [Charales Lindley 1836; Charophytae Engler 1887] – parožnatky
          • Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004 [Cormophyta Endlicher 1836; Plantae Haeckel 1866] – vyšší rostliny

Sar
  • Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012 [Harosa Cavalier-Smith 2010]
    Stramenopiles: Chaluha Durvillaea antarctica (Phaeophyceae)
    • Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005 [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2017]
      • Bigyra Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
        • Opalozoa Cavalier Smith 1991 emend. 2006
          • Nanomonadea Cavalier-Smith 2012 [linie environmentálních vzorků MAST-3 Massana et al. 2014]
          • Opalinata Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997 [Slopalinida Patterson 1985]
            • Proteromonadea Grasse 1952 (P)
            • Opalinea Wenyon 1926 – opalinky
            • Blastocystis Alexeev 1911
          • Placidida Moriya et al. 2002
          • Bicosoecida Grasse 1926, emend. Karpov 1998
        • Sagenista Cavalier-Smith 1995
          • Labyrinthulomycetes Dick 2001 [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] – labyrintuly
            • Amphitremida Poche 1913 emend. Gomaa et al. 2003
            • Amphifilida Cavalier-Smith 2012
            • Oblongichytrida Bennett et al. 2017
            • Labyrinthulida Doffein 1901
            • Thraustochytrida Sparrow 1943
          • Pseudophyllomitidae Shiratori et al. 2016 [linie environmentálních vzorků MAST-6 Massana et al. 2014]
      • Gyrista Cavalier-Smith 1998
        • Developea Karpov & Aleoshin 2016
        • Hyphochytriales Sparrow 1960
          • Anisolpidiaceae Karling 1943, emend. Dick 2001
          • Hyphochytrium Karling 1939 [Hyphochytridiomycetaceae Fischer 1892, emend. Karling 1939]
          • Rhizidiomycetaceae Karling 1943
        • Peronosporomycetes Dick 2001 [Oomycetes Winter 1897, emend. Dick 1976] – řasovky, oomycety
          • „Saprolegniální linie“ Lara in Adl et al. 2019
          • „Peronosporální linie“ Lara in Adl et al. 2019
        • Pirsoniales Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
        • Actinophryidae Claus 1874, emend. Hartmann 1926
        • Ochrophyta Cavalier-Smith 1986 emend. Cavalier-Smith & Chao 1996 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)[pozn. 1]
          • Chrysista Cavalier-Smith 1986
            • Incertae sedis Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae Horn & Wilhelm 2007, Chrysomerophyceae Cavalier-Smith 1995
            • Chrysophyceae Pascher 1914 – zlativky
              • Chromulinales Pascher 1910
              • Hibberdiales Andersen 1989
              • Ochromonadales Pascher 1910
              • Paraphysomonadida Scoble & Cavalier-Smith 2014
              • Synurales Andersen 1987
            • Eustigmatales Hibberd 1981
            • Phaeophyceae Hansgirg 1886 [Phaeophyceae Kjellman 1891, Phaeophyceae Pfitzer 1894] – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
              • Ascoseirales Petrov 1964
              • Desmarestiales Setchell & Gardner 1925
              • Dictyotales Bory de Saint-Vincent 1828
              • Discosporangiales Kawai et al. 2007
              • Ectocarpales Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000
              • Fucales Bory de Saint-Vincent 1927 – chaluhotvaré
              • Ishige Yendo 1907 [Ishigeacea Okamura 1935; Ishigeales Cho et al. 2004]
              • Laminariales Migula 1908
              • Nemoderma Schousboe ex Bonnet 1892 [Nemodermatales Parente et al. 2008]
              • Onslowiales Draisma & Prud’homme van Reine 2008
              • Ralfsiales Nakamura ex Lim & Kawai 2007
              • Scytothamnales Peters & Clayton 1998
              • Sphacelariales Migula 1908
              • Sporochnales Sauvageau 1926
              • Syringodermatales Henry 1984
              • Tilopteridales Bessey 1907
            • Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
              • Phaeothamniales Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
              • Pleurochloridales Ettl 1956
            • Raphidophyceae Chadefaud 1950, emend. Silva 1980 – chloromonády
            • Schizocladia Henry et al. in Kawai et al. 2003 [Schizocladales Kawai et al. 2003]
            • Xanthophyceae Allorge 1930, emend. Fritsch 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale 1983; Xanthophyta Hibberd 1990] – různobrvky
              • Tribonematales Pascher 1939
              • Vaucheriales Bohlin 1901
          • Diatomista Derelle et al. 2016 emend. Cavalier-Smith 2017
            • Bolidophyceae Guillou et al. 1999 [Parmales Booth & Marchant 1987]
            • Diatomeae Dumortier 1821 [=Bacillariophyta Haeckel, 1878] – rozsivky
              • Leptocylindrophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Leptocylindrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Corethrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Ellerbeckiophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Probosciophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Melosirophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Coscinodiscophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
              • Rhizosoleniophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Arachnoidiscophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
                • Mediophyceae Jouse & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004
                • Biddulphiophyceae D. G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Bacillariophyceae Haeckel 1878, emend. Adl et al. 2019
            • Dictyochophyceae Silva 1980
              • Dictyochales Haeckel 1894
              • Pedinellales Zimmermann et al. 1984
              • Rhizochromulinales O’Kelly & Wujek 1994
            • Pelagophyceae Andersen & Saunders 1993
              • Pelagomonadales Andersen & Saunders 1993
              • Sarcinochrysidales Gayral & Billard 1977
            • Pinguiophyceae Kawachi et al. 2003
    • Alveolata Cavalier-Smith 1991
      Alveolata: Keřenka Carchesium polypinum (Ciliophora)
      • Colpodellida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005, 2019
        • Vitrellaceae Oborník & Lukeš 2012
        • Colpodellaceae Adl et al. 2019
        • Chromeraceae Oborník & Lukeš 2012
        • Alphamonaceae Adl et al. 2019
      • Perkinsidae Levine 1978, emend. Adl et al. 2005 [Perkinsozoa Moestrup & Rehnstam-Holm, 1999; Perkinsozoa Norén & Moestrup, 1999]
      • Colponemida Cavalier-Smith 1993 emend. Adl et al. 2019 (P)
        • Colponemidia Tikhonenkov et al. 2014
        • Acavomonidia Tikhonenkov et al. 2014
        • Palustrimonas Patterson & Simpson, 1996
        • Oxyrrhis Dujardin 1841 [Oxyrrhinaceae Sournia 1984]
      • Dinoflagellata Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005 – obrněnky
        • Syndiniales Loeblich III 1976
          • Incertae sedis Syndiniales: Ellobiopsidae Coutière 1911
          • Euduboscquellidae Coats & Bachvaroff 2012
          • Amoebophryidae Cachon 1964
          • Syndinidae Chatton 1910
          • Sphaeriparaceae Loeblich III 1970
        • Noctilucales Haeckel 1894 [Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993]
        • Dinophyceae Pascher 1914
          • Gymnodiniphycidae Fensome et al. 1993
            • Gymnodinium F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
            • Amphidinium Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto
            • Gyrodinium Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
            • Kareniaceae Bergholtz et al. 2005
            • Ceratoperidiniaceae Loeblich III 1980, emend. Reñé & de Salas 2013
            • Torodiniales Boutrup, Moestrup & Daugbjerg 2016
            • Levanderina Moestrup et al. 2014
            • Margalefidinium F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017
            • Cochlodinium F. Schütt emend. F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017 sensu stricto
            • Ptychodiscales Fensome et al. 1993
            • Borghiellaceae Moestrup, Lindberg, & Daugbjerg 2009
            • Tovelliaceae Moestrup et al. 2005
            • Suessiaceae Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009
          • Peridiniphycidae Fensome et al. 1993
            • Gonyaulacales Taylor 1980
            • Peridiniales Haeckel 1894
            • Thoracosphaeraceae Schiller 1930
            • Podolampadaceae Lindemann 1928
            • Kryptoperidiniaceae Lindemann 1925
            • Heterocapsaceae Fensome et al. 1993
            • Amphidomataceae Sournia 1984
            • Oxytoxaceae Lindemann 1928
            • Centrodiniaceae Hernández-Becerril 2010
          • Dinophysales Kofoid 1926
          • Prorocentrales Lemmermann 1910
      • Apicomplexa Levine 1980, emend. Adl et al. 2005 – výtrusovci
        • Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida Levine 1979
        • Incertae sedis Apicomplexa: Protococcidiorida Kheisin 1956
        • Aconoidasida Mehlhorn et al. 1980 [=Hematozoa Vivier 1982] (P) – krvinkovky
          • Haemospororida Danilewsky 1885
          • Piroplasmorida Wenyon 1926 – klíštěnky
          • Nephromycida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2019
        • Conoidasida Levine 1988 (P)
          • Coccidia Leuckart 1879 (P) – kokcidie
            • Adeleorina Léger 1911
            • Eimeriorina Léger 1911
          • Gregarinasina Dufour 1828 (P) – gregariny, hromadinky
            • Archigregarinorida Grassé 1953 (P)
            • Eugregarinorida Léger 1900 (P)
            • Neogregarinorida Grassé 1953
            • Cryptogregarinorida Cavalier-Smith 2014 emend Adl et al. 2019
          • Blastogregarinea Chatton & Villeneuve 1936, emend. Simdyanov et al. 2018
      • Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Bütschli, 1887] – nálevníci, obrvení
        • Postodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976
          • Karyorelictea Corliss, 1974
            • Kentrophoridae Jankowski, 1980
            • Loxodida Jankowski, 1980
              • Cryptopharyngidae Jankowski, 1980
              • Loxodidae Bütschli, 1889
            • Geleiidae Kahl, 1933
          • Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví
            • Blepharismidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
            • Climacostomidae Repak, 1972
            • Condylostomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
            • Fabreidae Shazib et al., 2014
            • Gruberiidae Shazib et al., 2014
            • Coliphorina Jankowski, 1967
              • Folliculinidae Dons, 1914
              • Maristentoridae Miao et al., 2005
            • Peritromidae Stein, 1867
            • Spirostomidae Stein, 1867
            • Stentoridae Carus, 1863
        • Intramacronucleata Lynn, 1996
          • Incertae sedis Intramacronucleata: Protocruzia Faria da Cunha & Pinto 1922 [Protocruziidae Jankowski, 1980; Protocruziidia de Puytorac et al., 1987]
          • SAL Gentekaki et al., 2014
            • Incertae sedis SAL: Cariacothrix Orsi et al., 2012 [Cariacotrichea Orsi et al., 2011]
            • Incertae sedis SAL: Mesodiniidae Jankowski, 1980
            • Incertae sedis SAL: Phacodinium Prowazek, 1900 [Phacodiniidia Small & Lynn, 1985]
            • Spirotrichea Bütschli, 1889
              • Euplotia Jankowski, 1979
                • Euplotida Small & Lynn, 1985
                • Discocephalida Wicklow, 1982
              • Perilemmaphora Berger, 2008
                • Hypotrichia Stein, 1859 – spodobrví
                • Oligotrichia Bütschli, 1887 – sporobrví
              • Licnophoridae Bütschli, 1887
              • Kiitrichidae Nozawa, 1941
            • Lamellicorticata Vďačný et al., 2010
              • Armophorea Lynn, 2004
                • Incertae sedis Armophorea: Mylestomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
                • Metopida Jankowski, 1980 (P)
                • Clevelandellida de Puytorac & Grain, 1976
                • Caenomorphidae Poche, 1913
                • Odontostomatida Sawaya, 1940 – hřebenoústí
              • Litostomatea Small & Lynn, 1981
                • Rhynchostomatia Jankowski 1980
                • Haptoria Corliss, 1974 (P)
                • Helicoprorodontidae Small & Lynn, 1985
                • Trichostomatia Bütschli, 1889 – brvoústí
                • Isoendo Adl et al. 2019
          • CONthreeP Lynn in Adl et al., 2012 [Ventrata Cavalier-Smith, 2004]
            • Incertae sedis CONthreeP: Askenasia Blochmann, 1895
            • Incertae sedis CONthreeP: Cyclotrichiidae Jankowski, 1980
            • Incertae sedis CONthreeP: Paraspathidium Noland, 1937
            • Incertae sedis CONthreeP: Pseudotrachelocercidae Song, 1990
            • Incertae sedis CONthreeP: Discotrichidae Jankowski, 1967 [Discotrichida Fan et al., 2014]
            • Phyllopharyngea de Puytorac et al., 1974
              • Synhymeniida de Puytorac et al. in Deroux, 1978
                • Nassulopsidae Deroux in Corliss, 1979
                • Orthodonellidae Jankowski, 1968
                • Scaphidiodontidae Deroux in Corliss, 1979
                • Synhymeniidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
              • Subkinetalia Gong et al., 2009
                • Cyrtophoria Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Rhynchodia Chatton & Lwoff, 1939
                • Suctoria Claparède & Lachmann, 1858 – rournatky
            • Colpodea Small & Lynn, 1981
              • Bursariomorphida Fernández-Galiano, 1978
                • Bryometopidae Jankowski, 1980
                • Bursaridiidae Foissner, 1993
                • Bursariidae Bory de St. Vincent, 1826
              • Colpodida de Puytorac et al., 1974
                • Incertae sedis Colpodida: Bardeliellidae Foissner, 1984
                • Incertae sedis Colpodida: Hausmanniellidae Foissner, 1987
                • Incertae sedis Colpodida: Ilsiellidae Bourland et al., 2011
                • Incertae sedis Colpodida: Pseudochlamydonellidae Buitkamp et al., 1989
                • Incertae sedis Colpodida: Marynidae Poche, 1913
                • Bryophryina de Puytorac et al., 1979
                • Colpodina Foissner et al., 2011
                • Grossglockneriidae Foissner, 1980 [Grossglockneriina Foissner, 1980]
              • Cyrtolophosidida Foissner, 1978
                • Cyrtolophosididae Stokes, 1888
                • Kreyellidae Foissner, 1979
              • Platyophryida de Puytorac et al., 1979
                • Ottowphryidae Foissner et al., 2011
                • Platyophryidae de Puytorac et al., 1979 (P)
                • Sagittariidae Grandori & Grandori, 1935
                • Sorogenidae Bradbury & Olive, 1980
                • Woodruffiidae Gelei, 1954
            • Nassophorea Small & Lynn, 1981 (P)
              • Colpodidiidae Foissner, 1995
              • Nassulida Jankowski, 1967
                • Furgasoniidae Corliss, 1979
                • Nassulidae de Fromentel, 1874
              • Microthoracida Jankowski, 1967
                • Microthoracidae Wrzesniowski, 1870
                • Leptopharyngidae Kahl, 1926
            • Prostomatea Schewiakoff, 1896 (P) – předoústí
              • Apsiktratidae Foissner et al., 1994 [Prostomatida Schewiakoff, 1896]
              • Prorodontida Corliss, 1974
                • Balanionidae Small & Lynn, 1985
                • Cryptocaryonidae Wright & Colorni, 2002
                • Colepidae Ehrenberg, 1838
                • Holophryidae Perty, 1852
                • Lagynidae Sola et al., 1990
                • Metacystidae Kahl, 1926
                • Placidae Small & Lynn, 1985
                • Plagiocampidae Kahl, 1926
                • Prorodontidae Kent, 1881
                • Urotrichidae Small & Lynn, 1985
            • Plagiopylea Small & Lynn, 1985
              • Plagiopylida Small & Lynn, 1985
                • Epalxellidae Corliss, 1960 (možná patří do Odontostomatida)
                • Plagiopylidae Schewiakoff, 1896
                • Sonderiidae Small & Lynn, 1985
                • Trimyemidae Kahl, 1933
            • Oligohymenophorea de Puytorac et al., 1974 – chudoblanní
              • Apostomatia Chatton & Lwoff, 1928
                • Apostomatida Chatton & Lwoff, 1928
                • Astomatophorida Jankowski, 1966
                • Pilisuctorida Jankowski, 1966
              • Astomatia Schewiakoff, 1896
                • Anoplophryidae Cépède, 1910
                • Buetschliellidae de Puytorac in Corliss, 1979
                • Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979
                • Contophryidae de Puytorac, 1972
                • Haptophryidae Cépède, 1923
                • Hoplitophryidae Cheissin, 1930
                • Intoshellinidae Cépède, 1910
                • Maupasellidae Cépède, 1910
                • Radiophryidae de Puytorac, 1972
              • Hymenostomatia Delage & Hérouard, 1896
                • Tetrahymenida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Ophryoglenida Canella, 1964
              • Peniculia Fauré-Fremiet in Corliss, 1956 (P)
                • Peniculida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Urocentridae Claparède & Lachmann, 1858 [Urocentrida de Puytorac, Grain & Mignot, 1987]
              • Peritrichia Stein, 1859 – kruhobrví
                • Sessilida Kahl, 1933
                • Mobilida Kahl, 1933
              • Scuticociliatia Small, 1967 (P)
                • Philasterida Small, 1967
                • Pleuronematida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Thigmotrichida Chatton & Lwoff, 1922
                • Loxocephalida Jankowski, 1964 (P)
    • Rhizaria Cavalier-Smith 2002
      Rhizaria: Ammonia tepida (Foraminifera)
      • Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000 (X)
      • Cercozoa Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005, emend. Cavalier-Smith 2018
        • Incertae sedis Cercozoa: Discocelia Cavalier-Smith 2013 [Discocelis Vørs 1988]
        • Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae Golemansky 1974, emend Meisterfeld, 2002 (X) (pravděpodobně součást Euglyphida)
        • Incertae sedis Cercozoa: Volutellidae Sudzuki 1979
        • Cercomonadida Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006, emend Howe et al. 2009, emend Cavalier-Smith 2012 [=Cercomonadidae Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Cercobodonidae Hollande 1942] – kořenonožci
        • Paracercomonadida Cavalier-Smith 2018
        • Glissomonadida Howe & Cavalier-Smith 2009 [Heteromitidae Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Bodomorphidae Hollande 1952]
          • Sandonidae Howe et al. 2009
          • Dujardinidae Howe & Cavalier-Smith, 2011
          • Bodomorphidae Hollande 1952 emend. Cavalier-Smith in Howe et al. 2009
          • Proleptomonadidae Howe et al. 2009
          • Allapsidae Howe & Cavalier-Smith 2009
        • Viridiraptoridae Hess & Melkonian 2013
        • Pansomonadidae Vickerman in Vickerman et al. 2005
        • Sainouroidea Schuler et al. 2018 [Helkesida Cavalier-Smith 2018[12]]
          • Sainouridae Cavalier-Smith 2008
          • Helkesimastigidae Cavalier-Smith 2008
          • Guttulinopsidae Olive 1970
        • Thecofilosea Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011
          • Phaeodarea Haeckel 1879 [Tripylea Hertwig 1879]
            • Phaeoconchia Haeckel 1879
            • Phaeocystina Haeckel 1879
            • Phaeogromia Haeckel 1879
            • Phaeosphaeria Haeckel 1879
          • Cryomonadida Cavalier-Smith 1993
            • Rhogostomidae Dumack et al. 2017
            • Protaspidae Cavalier-Smith 1993
          • Ventricleftida Cavalier-Smith 2011
          • Tectofilosida Cavalier-Smith 2003
            • Chlamydophryidae de Saedeleer 1934
          • Ebriacea Lemmermann 1901 [Ebriidae Poche 1913; Ebriida Deflandre 1936]
        • Imbricatea Cavalier-Smith 2011 [Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003]
          • Spongomonadida Hibberd, 1983 [Spongomonadidae Karpov 1990]
          • Marimonadida Cavalier-Smith & Bass 2011
          • Variglissida Cavalier-Smith, 2014
          • Silicofilosea Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012
            • Thaumatomonadida Shirkina, 1987 [Thaumatomastigidae Patterson & Zoelfell 1991]
              • Thaumatomonadidae Hollande, 1952
              • Esquamula Shiratori, Yabuki & Ishida, 2012
              • Peregriniidae Cavalier-Smith, 2011
            • Euglyphida Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997
              • Euglyphina Kosakyan et al., 2016
                • Assulinidae Lara et al., 2007
                • Sphenoderiidae Chatelain et al., 2013
                • Trinematidae Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012
                • Euglyphidae Wallich 1864, emend Lara et al. 2007 – křeménky
                • Tracheleuglypha Deflandre, 1928
              • Cyphoderiidae de Saedeleer 1934
              • Paulinellidae de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012
        • Metromonadea Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011
        • Granofilosea Cavalier-Smith & Bass 2009
          • Massisteridae Cavalier-Smith 1993
          • Clathrulinidae Claus 1874 [Desmothoracida Hertwig & Lesser 1874]
        • Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984
      • Endomyxa Cavalier-Smith 2002, emend. Bass & Berney in Adl et al. 2019
        • Vampyrellida West 1901, emend. Hess et al. 2012
        • Phytomyxea Engler & Prantl, 1897 – nádorovky
          • Plasmodiophorida Cook, 1928
          • Phagomyxida Cavalier-Smith 1993
        • Filoreta Bass & Cavalier-Smith, 2009
        • Gromia Dujardin, 1835 – tobolinky
        • Ascetosporea Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009
          • Haplosporida Caullery & Mesnil, 1899 – haplosporidie
          • Microcytida Hartikainen et al. 2013
          • Paramyxida Chatton, 1911
          • Claustrosporidium Larsson, 1987
          • Paradiniidae Schiller 1935
      • Retaria Cavalier-Smith 2002
        • Foraminifera d’Orbigny 1826 – dírkonošci
          • Monothalamea Pawlowski et al. 2013
          • Tubothalamea Pawlowski et al. 2012
            • Miliolida Delage & Hérouard 1896
            • Spirillinida Hohenegger & Piller 1975
            • Ammodiscidae Reuss 1862
          • Globothalamea Pawlowski et al. 2012
            • Rotaliida Delage & Hérouard 1896
              • Planorbulinidae Schwager 1877
              • Discorboidea Ehrenberg 1838
                • Discorbidae Ehrenberg 1838
                • Rosalinidae Reiss, 1963
              • Rotalioidea Ehrenberg 1839 emend. Pawlowski 2013
                • Elphidiidae Galloway 1933
                • Ammoniidae Saidova, 1981
                • Elphidiellidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Haynesinidae Mikhalevich 2013
              • Glabratelloidea Loeblich & Tappan, 1964
                • Rotaliellidae Loeblich & Tappan, 1964
                • Buliminoididae Seiglie, 1970
                • Glabratellidae Loeblich & Tappan, 1964
              • Calcarinoidea Schwager, 1876
                • Calcarinidae Schwager, 1876
              • Nummulitoidea de Blainville, 1827
                • Nummulitidae de Blainville, 1827
              • Serioidea Holzmann & Pawlowski 2017
                • Uvigerinidae Haeckel, 1894
                • Bolivinitidae Glaessner, 1937
                • Cassidulinidae d’Orbigny, 1839
                • Sphaeroidinidae Cushman, 1927
                • Globobuliminidae Cushman, 1927
              • Incertae sedis Rotaliida:
                • Nonionidae Schultze, 1854
                • Virgulinellidae Loeblich & Tappan, 1984
                • Buliminidae Jones, 1875
                • Epistominellidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Stainforthiidae Reiss, 1963
                • Cibicididae Cushman, 1927
                • Chilostomellidae Brady, 1881
                • Pullenidae Schwager, 1877
                • Nuttalidae Saidova, 1981
                • Discorbinellidae Sigal, 1952
                • Astrononionidae Cushman & Edwards, 1937
                • Oridorsalidae Loeblich & Tappan, 1984
                • Melonidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Cymbaloporidae Cushman 1927
                • Rubratelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Murrayinelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
            • Globigerinida Delage & Hérouard 1896 (P)
            • Robertinida Loeblich & Tappan 1984
            • Textulariida Delage & Hérouard 1896 (P)
            • Carterina Brady 1884 [Carterinida Loeblich & Tappan 1981]
        • Radiolaria Müller 1858, sensu Adl et al., 2005
          • Acantharea Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000 – strontnatci
            • Chaunocanthida Schewiakoff 1926
            • Holocanthida Schewiakoff 1926
            • Symphyacanthida Schewiakoff 1926
            • Arthracanthida Schewiakoff 1926
          • Taxopodida Fol 1883
          • Polycystinea Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887
            • Spumellaria Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967
            • Nassellaria Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887
            • Collodaria Haeckel 1887
      • Aquavolonida Bass & Berney, 2018
      • Tremula Howe et al. 2011 [=Tremulida Howe et al. 2011]

Incertae sedis EUKARYA
  • „CRuMs“ Brown et al., 2018 [Varisulca Cavalier-Smith 2012 (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)]
    • Collodictyonidae Brugerolle et al. 2002, emend. Adl et al. 2019 [Diphylleidae Cavalier-Smith 1993; Diphylleida Cavalier-Smith 1993; Diphyllatea Cavalier-Smith 2003; Sulcomonadidae Cavalier-Smith 2013]
    • Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012
    • Mantamonas Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011
  • Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998 [=Planomonadida Cavalier-Smith 2008]
  • Hemimastigophora Foissner et al. 1988
    • Spironemidae Doflein 1916
  • Meteora Hausmann et al. 2002

Excavata
  • „Excavates“ [Excavata Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003] (P)
    Excavata: Lamblie střevní (Diplomonadida)
    • Discoba Simpson in Hampl et al., 2009
      • Jakobida Cavalier-Smith, 1993
        • Andalucina Cavalier-Smith, 2013
          • Andaluciidae Cavalier-Smith, 2013
          • Stygiellidae Pánek et al. 2016
        • Histionina Cavalier-Smith 2013
      • Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
      • Heterolobosea Page & Blanton 1985
        • Pharyngomonada Cavalier-Smith 2008
        • Tetramitia Cavalier-Smith, 1993
          • Selenaionidae Hanousková et al. 2018
          • Neovahlkampfiidae Hanousková et al. 2018
          • Eutetramitia Hanousková et al. 2018
            • Vahlkampfiidae Jollos 1917 (P)
            • Gruberellidae Page & Blanton 1985
            • Acrasidae Poche, 1913
            • Percolomonadidae Cavalier-Smith, 2008
            • Psalteriomonadidae Cavalier-Smith, 1993
            • Stephanopogonidae Corliss, 1961
            • Creneidae Pánek, et al. 2014
            • Tulamoebidae Kirby et al. 2015
      • Euglenozoa Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997
        • Euglenida Butschli 1884, emend. Simpson 1997 – krásnoočka
          • Heteronematina Leedale 1967 (P)
          • Aphagea Cavalier-Smith, 1993, emend. Busse & Preisfeld, 2002
          • Euglenophyceae Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003 [Euglenea Butschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002]
            • Rapaza Yamaguchi et al. 2012
            • Eutreptiales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
            • Euglenales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
              • Phacaceae Kim et al. 2010
              • Euglenaceae Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010
        • Diplonemea Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997
          • Diplonemidae Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al. 2019
          • Hemistasiidae Cavalier-Smith, 2016 emend. Adl et al. 2019
          • Eupelagonemidae Okamoto & Keeling, 2018
        • Symbiontida Yubuki et al. 2009
        • Kinetoplastea Honigberg 1963 – bičivky
          • Prokinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Metakinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Neobodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Parabodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Eubodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Trypanosomatida Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004 – trypanozomy
              • Leishmaniinae Maslov & Lukeš, 2012
    • Malawimonadidae O’Kelly & Nerad 1999 – malawimonády
    • Metamonada Grassé 1952 emend. Cavalier-Smith 1987
      • Fornicata Simpson, 2003
        • „Organismy podobné Carpediemonas“ Kolisko et al. 2010 (P)
        • Diplomonadida Wenyon, 1926 – diplomonády
          • Hexamitinae Kent, 1880
          • Giardiinae Kulda & Nohýnková, 1978
        • Retortamonadida Grassé, 1952 (P) – retortamonády
        • Caviomonadidae Cavalier-Smith, 2013
      • Parabasalia Honigberg, 1973 – bičenkovci
        • Trichomonadida Kirby, 1947 – bičenky, trichomonády
        • Honigbergiellida Čepička et al., 2010 (P?)
        • Hypotrichomonadida Čepička et al., 2010
        • Tritrichomonadida Čepička et al., 2010 (P)
        • Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001
        • Spirotrichonymphida Grassé, 1952
        • Lophomonadida Light, 1927
        • Trichonymphida Poche, 1913
      • Preaxostyla Simpson 2003
        • Oxymonadida Grassé 1952 – oxymonády
        • Trimastigidae Saville Kent, 1880-1882
        • Paratrimastigidae Zhang et al. 2015


Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe

Systém vznikl již v r. 1998[13] (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981[14]), nadále aktualizovány ale byly a stále (2018) jsou pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.[15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][7][25][26][12]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.

Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.[27][28][29]

Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).

NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Protozoa
  • Říše Protozoa Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009 (P)
    • Podříše Eozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009 (P)
      • Infraříše a kmen Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981[25]
        Protozoa: Krásnoočko zelené (Euglenida)
        • Podkmen Euglenoida Bütschli, 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith, 1993
          • Infrakmen Entosiphona Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Entosiphonea Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Entosiphonida Cavalier-Smith, 2016
          • Infrakmen Dipilida Cavalier-Smith, 2016
            • Nadtřída Rigimonada Cavalier-Smith, 2016 (P)
              • Třída Stavomonadea Cavalier-Smith, 2016
                • Podtřída Homostavia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Decastavida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Petalomonadida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Heterostavia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Heterostavida Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Ploeotarea Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Ploeotiida Cavalier-Smith, 1993
            • Nadtřída Spirocuta Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Peranemea Cavalier-Smith, 1993 em. 2016 (P)
                • Podtřída Peranemia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Peranemida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Anisonemia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Anisonemida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Natomonadida Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Metanemina Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Rhabdomonadina Leedale, 1967 em. Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Acroglissia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Acroglissida Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Euglenophyceae Schoenichen, 1925 orth. em. Smith, 1933 – krásnoočka
                • Podtřída Rapazia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Rapazida Cavalier-Smith, 2016
                • Podtřída Euglenophycidae Busse and Preisfeld, 2003
                  • Řád Eutreptiida Leedale, 1967 (P) [=Eutreptiales]
                  • Řád Euglenida Ritter von Stein, 1878 stat. n. Calkins, 1926 [=Euglenales Leedale, 1967]
        • Podkmen Postgaardia Cavalier-Smith, 2016
          • Třída Postgaardea Cavalier-Smith, 1998 [=Symbiontida Yubuki et al., 2009]
            • Řád Postgaardida Cavalier-Smith, 2003
            • Řád Bihospitida Cavalier-Smith, 2016
        • Podkmen Glycomonada Cavalier-Smith, 2016
          • Třída Diplonemea Cavalier-Smith, 1993
            • Řád Diplonemida Cavalier-Smith, 1993
          • Třída Kinetoplastea Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis, 1974 – bičivky
            • Podtřída Prokinetoplastina Vickerman, 2004
              • Řád Prokinetoplastida Vickerman, 2004
            • Podtřída Metakinetoplastina Vickerman, 2004
              • Řád Bodonida Hollande, 1952 em. Vickerman, 1976, Krylov et al. 1980 (P)
                • Podřád Neobodonina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Parabodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Eubodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Trypanosomatida Saville Kent, 1880 stat. n. Hollande, 1952
      • Infraříše Excavata Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009 (P)
        • Kmen Percolozoa Cavalier-Smith, 1991[17] [=Heterolobosea sensu lato[30]]
          • Podkmen Pharyngomonada Cavalier-Smith 1991
            • Třída Pharyngomonadea Cavalier-Smith 1991
              • Řád Pharyngomonadida Cavalier-Smith 1991
          • Podkmen Tetramitia Cavalier-Smith 1993 emend. Cavalier-Smith 2008
            • Třída Heterolobosea (sensu stricto) Page & Blanton, 1985 stat. n. Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 (P)
              • Řád Acrasida Schröter 1886
              • Řád Schizopyrenida (sensu stricto) Singh 1952
            • Třída Lyromonadea Cavalier-Smith 1993
              • Řád Lyromonadida Cavalier-Smith 1993
            • Třída Percolatea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Percolomonadida Cavalier-Smith 1993
              • Řád Pseudociliatida Corliss & Lipscomb, 1982
        • Kmen Loukozoa Cavalier-Smith, 1999 emend. 2013[21] (P)
          • Podkmen Eolouka Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Tsukubea Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
            • Třída Jakobea Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003
              • Řád Jakobida Cavalier-Smith, 1993
          • Podkmen Metamonada Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003
            • Infrakmen Anaeromonada Cavalier-Smith, 1997 [Preaxostyla Simpson, 2003]
              • Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999
                • Řád Trimastigida Cavalier-Smith, 2003
                • Řád Oxymonadida Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2013 – oxymonády
            • Infrakmen Trichozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2013
              • Nadtřída Parabasalia Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003 – bičenkovci
                • Třída Trichomonadea Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2013 – bičenky, trichomonády
                  • Podtřída Eotrichomonadia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Trichomonadida Kirby, 1947
                      • Podřád Trichomonadina Cavalier-Smith, 2013
                      • Podřád Honigbergiellina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                      • Podřád Hypotrichomonadina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Tritrichomonadina Čepička et al., 2010
                  • Podtřída Cristomonadia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Spirotrichonymphida Grassé, 1952
                • Třída Trichonymphea Cavalier-Smith, 2003
                  • Řád Trichonymphida Poche, 1913
                  • Řád Lophomonadida Light, 1927
              • Nadtřída Fornicata Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                • Třída Carpomonadea Cavalier-Smith, 2013
                  • Řád Carpediemonadida Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012
                  • Řád Chilomastigida Cavalier-Smith, 2013
                  • Řád Dysnectida Cavalier-Smith, 2013
                • Třída Eopharyngea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2013
                  • Řád Diplomonadida Klebs, 1892 [=Diplozoa Dangeard, 1910] – diplomonády
                    • Podřád Distomatina Klebs, 1892 (jakožto Distomata) stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                    • Podřád Giardiina Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2013
                  • Řád Retortamonadida Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2013 – retortamonády
          • Podkmen Neolouka Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Malawimonadea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Malawimonadida Cavalier-Smith, 2003
    • Podříše Sarcomastigota Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009 (P)
      • Kmen Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998[7] – měňavkovci
        • Podkmen Lobosa Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009 (P)[31]
          • Nadtřída Cutosa Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Cutosea Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Squamocutida Cavalier-Smith, 2016
          • Nadtřída Glycopoda Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Tubulinea Smirnov et al., 2005 emend. 2011 [Lobosea Cavalier-Smith, 2004] – lalokonozí
              • Podtřída Neolobosia Cavalier-Smith, 2016
                • Nadřád Eulobosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Euamoebida Lepşi 1960 emend. Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                    • Podřád Amoebina Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Nolandina Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Arcellinida Saville Kent, 1880 – krytenky
                • Nadřád Trichosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Trichosida Möbius, 1889
              • Podtřída Leptomyxia Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Leptomyxida (Pussard & Pons, 1976) Page, 1987
              • Podtřída Echinamoebia Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 em. stat. n. Smirnov et al., 2011
            • Třída Discosea Cavalier-Smith, 2004 em. Smirnov et al., 2011[32]
              • Řád Glycostylida Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Podřád Vannellina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Dactylopodina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Stygamoebina Smirnov & Cavalier-Smith, 2011 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Dermamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Thecamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Centramoebida Rogerson & Patterson, 2002
              • Řád Himatismenida Page, 1987
                • Podřád Tectiferina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                • Podřád Parvamoebina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
        • Podkmen Conosa Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Semiconosia Cavalier-Smith, 2013
            • Nadtřída Variosia Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Variosea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Řád Holomastigida Lauterborn, 1895
                • Řád Phalansteriida Hibberd, 1983
                • Řád Artodiscida Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Varipodida Cavalier-Smith, 2004
                • Řád Protostelida Olive, 1967
                • Řád Ramamoebida Cavalier-Smith, 2016
            • Nadtřída Mycetozoa de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873 – hlenky
              • Třída Stelamoebea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Podtřída Exosporeae Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016 [Ceratiomyxomycetidae Martin, 1961]
                  • Řád Protosporangida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Ceratiomyxida Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos
                • Podtřída Dictyostelia Olive, 1975
                • Podtřída Myxogastria Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 [Myxomycetes Link, 1883] – pravé hlenky
                  • Nadřád Lucisporidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Liceida Jahn, 1928
                    • Řád Trichiida Macbride, 1922
                  • Nadřád Columellidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Echinosteliida Martin, 1961
                    • Řád Fuscisporida Cavalier-Smith, 2013
          • Infrakmen Archamoebae Cavalier-Smith, 1993 – panoženky
            • Třída Archamoebea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2004
              • Řád Mastigamoebida Frenzel, 1897
              • Řád Pelobiontida Page, 1976 em. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Rhizomastigida Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Entamoebida Cavalier-Smith, 1993)
      • Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith, 2013[21]
        • Podkmen Apusozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2013
          • Třída Thecomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2013
            • Řád Apusomonadida Karpov & Mylnikov, 1989
          • Třída Breviatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2004
            • Řád Breviatida Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Varisulca Cavalier-Smith, 2013
          • Nadtřída Multirhiza Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Diphylleida Cavalier-Smith, 1993
            • Třída Glissodiscea Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Planomonadida Cavalier-Smith, 2008
              • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
              • Řád Mantamonadida Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011
          • Nadtřída Hilomonadia Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Hilomonadea Cavalier-Smith, 2008 emend. 2013
              • Řád Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2013
      • Kmen Choanozoa Cavalier-Smith 1981[21] (P) – trubénky
        • Podkmen Choanofila Cavalier-Smith, 2009
          • Třída Choanoflagellatea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Craspedida Cavalier-Smith, 1997
            • Řád Acanthoecida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Filasterea Cavalier-Smith, 2008[pozn. 2]
            • Řád Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Corallochytrea Cavalier-Smith, 1998[pozn. 2]
            • Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995
          • Třída Ichthyosporea Cavalier-Smith, 1998[pozn. 2] – plísňovky
            • Řád Dermocystida Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Eccrinida Léger & Dubosq, 1929
              • Podřád Trichomycina Cavalier-Smith, 2013
              • Podřád Sphaeroformina Cavalier-Smith, 2013
        • Podkmen Paramycia Cavalier-Smith, 2013 [=Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014[35]]
          • Třída Cristidiscoidea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 – nuklearie
            • Řád Fonticulida Cavalier-Smith, 1993
          • Třída Rozellidea Cavalier-Smith, 2013
            • Řád Aphelidida Cavalier-Smith, 2013
            • Řád Rozellida Cavalier-Smith, 2013

Animalia

Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů).

  • Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 [=Metazoa Haeckel, 1874] – živočichové

Fungi
  • Říše Fungi Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998[21] – houby (podrobnější systém je uveden v článku Klasifikace hub)
    Fungi: Kuřátka sličná (Agaricomycetes)
    • Podříše Eomycota Cavalier-Smith, 1998
      • Kmen Archemycota Cavalier-Smith, 1998
        • Podkmen Chytridiomycotina Cavalier-Smith, 2013 – chytridiomycety
          • Třída Monoblepharidomycetes Shaffner, 1909
            • Řád Monoblepharidales Schröter in Engler & Prantl, 1883
          • Třída Chytridiomycetes Cavalier-Smith, 1998
            • Podtřída Rumpomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013
              • Řád Chytridiales Cohn, 1879
              • Řád Spizellomycetales Barr, 1980
              • Řád Rhizophlyctidales Letcher in Letcher et al., 2007
              • Řád Polychytriales Longcore & Simmons, 2012
            • Podtřída Neocallimastigomycetidae Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Neocallimastigales Li et al., 1993
        • Podkmen Melanomycotina Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Allomycotina Cavalier-Smith, 1998
            • Třída Allomycetes Cavalier-Smith, 1998 [=Blastocladiomycetes James, 2007]
              • Řád Blastocladiales Petersen, 1910
              • Řád Physodermatales Cavalier-Smith, 2013
          • Infrakmen Zygomycotina Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
            • Třída Zoomycetes Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
              • Podtřída Bolomycetidae Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Olpidiales Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Basidiobolales Cavalier-Smith, 1998
              • Podtřída Pedomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012 (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
              • Podtřída Entomomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013 (řád Entomophorales)
            • Třída Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998
              • Řád Archaeosporales C. Walker& A. Schuessler, 2001 [=Geosiphonales Cavalier-Smith, 1998]
              • Řád Diversisporales C. Walker & A. Schuessler, 2004
              • Řád Glomerales J. B. Morton & Benny, 1990
              • Řád Paraglomerales C. Walker & A. Schuessler, 2001
            • Třída Mucoromycetes Doweld, 2001 (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
      • Kmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
    • Podříše Neomycota Cavalier-Smith, 1998 [=Dikarya Hibbett et al., 2007]

Plantae

Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], je značně zastaralá a je zde proto uvedena v obecnější verzi z r. 2004[15], pokrývající pouze nejvyšší taxony a i přesto plně neodpovídjící aktuálním představám o jejich přirozenosti (podrobný aktuální systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin).

Plantae: Hořec bezlodyžný (Gentianales)
  • Říše Plantae Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981 [=Archaeplastida Adl 2005] – rostliny
    • Podříše Biliphyta Cavalier-Smith, 1981 (P)
      • Infraříše Glaucophyta Cavalier-Smith, 1998 [Glaucophyta Skuja 1954; Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986]– glaukofyty
      • Infraříše Rhodophyta Cavalier-Smith, 1998 [Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863; Rhodophyta Wettstein 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
    • Podříše Viridaeplantae Cavalier-Smith, 1981 [Chloroplastida Adl et al. 2005; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
      • Infraříše Chlorophyta Cavalier-Smith, 1993 (v širším smyslu, zahrnuje i Streptophyta kromě vyšších rostlin) (P) – zelené řasy
      • Infraříše Cormophyta Endlicher, 1836 stat. n. Cavalier-Smith, 1998 [Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004] – vyšší rostliny

Chromista
  • Říše Chromista Cavalier-Smith 1981[26][12] (P)[pozn. 3]
    • Podříše Harosa Cavalier-Smith, 2010 [=Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012]
      • Infraříše Halvaria Cavalier-Smith, 2013
        • Nadkmen Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2018 [=Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005]
          • Kmen Gyrista Cavalier-Smith, 1998 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
            • Podkmen Ochrophytina Cavalier-Smith, 1986 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)[pozn. 1]
              • Infrakmen Chrysista Cavalier-Smith, 1991
                • Nadtřída Limnistia Cavalier-Smith, 1996 emend. 2006
                  • Třída Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale, 1971
                  • Třída Chrysomonadea Saville-Kent, 1881 stat. n. Pascher, 1910 emend. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Chrysophyceae] – zlativky
                  • Třída Picophagea Cavalier-Smith, 2006 em. 2018 [=Synchromophyceae Horn et al., 2007]
                • Nadtřída Raphidoistia Cavalier-Smith, 1986 orth. mut. 2006
                  • Třída Raphidomonadea Chadefaud ex Silva, 1980
                    • Podtřída Raphidophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 (P) – chloromonády
                    • Podtřída Raphopoda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Nadtřída Fucistia Cavalier-Smith, 1995
                  • Třída Chrysomerophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 1995
                  • Třída Xanthophyceae Allorge ex Fritsch, 1935 – různobrvky
                  • Třída Aurophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                    • Podtřída Aurearenophycidae Kai et al. 2008 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                    • Podtřída Phaeothamniophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 em. 2013 [=Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al., 1998]
                  • Třída Phaeophyceae Kjellman, 1891 – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
                    • Podtřída Schizocladiophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=Schizocladiophyceae Henry et al. in Kawai et al., 2003]
                    • Podtřída Melanophycidae Rabenhorst, 1863 stat. n. Cavalier-Smith & Chao, 2006 – chaluhy v užším smyslu (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales)
              • Infrakmen Diatomista Derelle et al. ex Cavalier-Smith, 2018
                • Nadtřída Hypogyrista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006
                  • Třída Dictyochophyceae Silva, 1980
                    • Podtřída Pedinellia Cavalier-Smith, 1986 stat. n. 2018 [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia]
                    • Podtřída Pelagophycidae Andersen & Saunders 1993 ex Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006
                    • Podtřída Sulcophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Třída Pinguiophyceae Kawachi et al., 2002
                • Nadtřída Khakista Cavalier-Smith, 2000 stat. n. 2018
                  Chromista: rozsivka Gyrosigma acuminatum (Diatomeae)
                  • Třída Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet, 1999
                  • Třída Diatomeae Dumortier, 1822 stat. n. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Bacillariophyceae] – rozsivky
                    • Podtřída Corethrophycidae Round & Crawford, 1990
                    • Podtřída Rhizosoleniophycidae Round & Crawford, 1990
                    • Podtřída Eucentricophycidae Cavalier-Smith, 2000
                    • Podtřída Bacillariophycidae Pennatia Schütt, 1896 [=Pennatophycidae]
            • Podkmen Bigyromonada Cavalier-Smith, 1998 (P)
              • Třída Developea Aleoshin et al. 2016 ex Cavalier-Smith, 2018 [Biyromonadea Cavalier-Smith (1997) not valid]
                • Řád Developayellida Cavalier-Smith, 1987
              • Třída Pirsonea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Pirsoniida Cavalier-Smith & Chao 2006
            • Podkmen Pseudofungi Cavalier-Smith, 1986
              • Třída Oomycetes Winter in Rabenhorst, 1879 – řasovky, oomycety
              • Třída Hyphochytrea Cavalier-Smith, 1986
          • Kmen Bigyra Cavalier-Smith, 1998 em. 2006
            • Podkmen Opalozoa Cavalier-Smith, 1991 em., stat. n. 2006
              • Infrakmen Placidozoa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Nadtřída Wobblata Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 stat. n. 2013
                  • Třída Placididea Moriya et al., 2002
                  • Třída Nanomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Třída Opalomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=MAST-12]
                • Nadtřída Opalinata Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 2006 stat. n. 2013
                  • Třída Opalinea Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013 – opalinky
                  • Třída Blastocystea Zierdt, 1978
              • Infrakmen Bikosia Cavalier-Smith, 2018
                • Třída Bikosea Cavalier-Smith, 1986 (jakožto Bicosoecea), orth. em. 2013
                  • Podtřída Bikosidia Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013 (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida)
                  • Podtřída Rictidia Cavalier-Smith, 2013
            • Podkmen Sagenista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006
              • Třída Eogyrea Cavalier-Smith, 2018 (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11)
              • Třída Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986 – labyrintuly
            • Bigyra incertae sedis:
              • Třída Platysulcea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Platysulcida Cavalier-Smith, 2018
        • Nadkmen Alveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 2013
          • Kmen Miozoa Cavalier-Smith, 1987
            • Podkmen Protalveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 1999 em. 2018 (P)[21]
              • Třída Colponemea Cavalier-Smith, 1993[pozn. 4]
                • Řád Colponemida Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Palustrimonadida Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Acavomonadea Tikhonenkov et al., 2014
                • Řád Acavomonadida Tikhonenkov et al., 2014
            • Podkmen Myzozoa Cavalier-Smith & Chao, 2004
              • Infrakmen Dinozoa Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2013 em. 2018
                • Parvkmen Perkinsozoa Norén & Moestrup in Norén et al, 1999 em. Cavalier-Smith, 2014 stat. n. 2018
                  • Třída Perkinsea Levine, 1878
                    • Řád Acrocoelida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                    • Řád Perkinsida Levine, 1978
                    • Řád Rastrimonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                  • Třída Squirmidea Cavalier-Smith, 2014
                • Parvkmen Dinoflagellata Bütschli, 1885 stat. n. em. Cavalier-Smith, 2018 – obrněnky
                  • Nadtřída Eodina Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Myzodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Myzodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Oxyrrhea Cavalier-Smith, 1987
                  • Nadtřída Syndina Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Třída Endodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Ichthyodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Ellobiopsea Loeblich III, 1970
                    • Třída Syndinea Chatton, 1920 stat. n. Loeblich, 1976 em. 2018
                  • Nadtřída Dinokaryota Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Třída Peridinea Ehrenberg, 1830
                      • Podtřída Dinophycidae Bourelly, 1970
                        • Infratřída Peridinoidia Poche, 1913 stat. n. Fritsch, 1935
                        • Infratřída Gymnodinoidia Poche, 1913 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2018 [=Gymnodiniphycidae Fensome et al., 1993]
                          • Řád Gymnodiniales Apstein, 1909
                          • Řád Spirodinida Cavalier-Smith, 2018
                        • Infratřída Epidinia Cavalier-Smith, 2018
                          • Řád Torodinida Cavalier-Smith, 2018
                      • Podtřída Karlodinia Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Sulcodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Gyrodinida Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Amphidinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Noctilucea Haeckel, 1866 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
              • Infrakmen Apicomplexa Levine 1970 em., stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                • Parvkmen Apicomonada Cavalier-Smith, 1993 stat. n., em. 2018
                  • Třída Apicomonadea Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Podtřída Myzomonadia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004 stat. n., em. 2018
                      • Nadřád Chromovoridia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Algovorida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                        • Řád Chromerida Moore et al., 2008 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                        • Řád Voracida Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Voromonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                      • Nadřád Paraconoidia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Colpodellida Cavalier-Smith, 1993
                    • Podtřída Vitrelloidia Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Vitrellida Cavalier-Smith, 2018
                • Parvkmen Sporozoa Leukart, 1879 stat. n. Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Paragregarea Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Gregarinomorphea Grassé, 1953 em. Cavalier-Smith, 2014 – gregariny/hromadinky
                    • Podtřída Histogregaria Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Cryptogregaria Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Orthogregarinia Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Coccidiomorphea Doflein, 1901 em. Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Coccidia Leuckart, 1879 – kokcidie
                    • Podtřída Hematozoa Vivier, 1982 [Aconoidasida Mehlhorn et al., 1980] – krvinkovky
          • Kmen Ciliophora Doflein, 1901 – nálevníci
            • Podkmen Intramacronucleata Lynn, 1996
              • Infrakmen Spirotrichia Cavalier-Smith, 2004 em. 2018
                • Třída Spirotrichea Bütschli, 1889
                • Třída Cariacotrichea Orsi et al., 2011
                • Třída Armophorea Lynn, 2004
                • Třída Litostomatea Small & Lynn, 1981
              • Infrakmen Ventrata Cavalier-Smith, 2004
                • Třída Phyllopharyngea De Puytorac et al., 1974 (včetně Suctoria)
                • Třída Colpodea Small & Lynn, 1981 em. Cavalier-Smith, 2018, včetně Nassophorea Small & Lynn, 1981 jakožto podtřída Nassophoria
                • Třída Prostomatea Shewiakoff, 1896
                • Třída Plagiopylea Small & Lynn, 1985
                • Třída Oligohymenophorea De Puytorac et al., 1984 – chudoblanní
              • Infrakmen Protocruzia Cavalier-Smith, 2018
                • Třída Protocruzea Cavalier-Smith, 2018
                  • Podtřída Protocruziidia De Puytorac et al., 1987
            • Podkmen Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976
              • Třída Karyorelictea Corliss, 1974
              • Třída Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví
      • Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 em. 2003[12]
        • Kmen Cercozoa Cavalier-Smith, 1998 em. 2018 – kořenonožci
          • Podkmen Reticulofilosa Cavalier-Smith, 1997 (P)
            • Třída Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984 (jakožto Chlorarachniophyceae)
              • Řád Chlorarachnida Ishida et al., 1996 (jakožto Chlorarachniales)
              • Řád Minorisida Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Granofilosea Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Cryptofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Desmothoracida Hertwig & Lesser, 1874
              • Řád Leucodictyida Cavalier-Smith, 1993
              • Řád Limnofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Axomonadida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012 (X)
            • Třída Skiomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012
              • Řád Tremulida Cavalier-Smith & Howe in Howe et al., 2011
              • Řád Aquavolonida Bass et al. 2018
          • Podkmen Monadofilosa Cavalier-Smith, 1997
            • Nadtřída Eoglissa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Oates, 2011 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Metromonadea Cavalier-Smith, 2007
                • Řád Metopiida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003
                • Řád Metromonadida Bass & Cavalier-Smith, 2004
              • Třída Helkesea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Helkesida Cavalier-Smith, 2018
            • Nadtřída Ventrifilosa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 em. 2018
                • Podtřída Paracercomonada Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Paracercomonadida Cavalier-Smith, 2018
                • Podtřída Pediglissa Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Cercomonadida Poche, 1913 em. Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Glissomonadida Howe et al., 2009
                    • Podřád Allapsina Cavalier-Smith, 2018
                    • Podřád Sandonina Cavalier-Smith, 2018
                    • Podřád Pansomonadina Vickerman in Vickerman et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
                • Podtřída Placonuda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Nadřád Nudisarca Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Variglissida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
                    • Řád Marimonadida Cavalier-Smith & Bass in Howe et al. 2011
                  • Nadřád Euglyphia Cavalier-Smith, 2018
                    • Řád Euglyphida Copeland, 1956 em. Cavalier-Smith, 1987
                    • Řád Zoelucasida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014 (X)
                  • Nadřád Discomonada Cavalier-Smith, 2018
                    • Řád Discomonadida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
                • Podtřída Placoperla Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Nadřád Placofila Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Thaumatomonadida Shirkina, 1987
                    • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
                  • Nadřád Perlatia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Spongomonadida Hibberd, 1983
                    • Řád Perlofilida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012 (X)
                • Podtřída Krakenia Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Krakenida Dumack et al., 2017 ex Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Thecofilosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. 2012
                • Podtřída Ventricleftia Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Ventricleftida Cavalier-Smith in Howe et al., 2011
                • Podtřída Eothecia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Matazida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Ebriida Deflandre, 1936
                  • Řád Cryomonadida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Phaeodaria Haeckel, 1879
                  • Řád Eodarida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Opaloconchida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Podtřída Tectosia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Tectofilosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
                    • Podřád Fiscullina Cavalier-Smith, 2018
        • Kmen Retaria Cavalier-Smith, 1999 em. 2018
          • Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith, 2002
            • Nadtřída Marimyxia Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Gromiidea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018 (P)
                • Řád Gromiida Claparède & Lachmann, 1856
                • Řád Reticulosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. n. Cavalier-Smith, 2002
                • Řád Claustrosporida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (X)
                • Řád Haplosporida Caullery & Mesnil, 1889 orth. em. Lühe, 1900
                • Řád Mikrocytida Hartikainen et al., 2014
                • Řád Paradinida Cavalier-Smith in Bass et al., 2009
                • Řád Paramyxida Chatton, 1911
            • Nadtřída Proteomyxia Lankester 1885 ex Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Vampyrellidea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Vampyrellida West 1901 ex Cavalier-Smith, 2018 [=Aconchulinida De Saedeleer 1934]
              • Třída Phytomyxea Engler & Prantl, 1897
                • Řád Phagomyxida Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Plasmodiophorida Cook, 1928
          • Podkmen Ectoreta Cavalier-Smith, 2018
            • Infrakmen Foraminifera (D’Orbigny 1826) Eichwald, 1830 stat. n. Cavalier-Smith, 2018 – dírkonošci
              • Třída Monothalamea Schultze, 1854
              • Třída Globothalamea Pawlowski et al., 2013
              • Třída Tubothalamea Pawlowski et al., 2013
                • Řád Miliolida Delage & Herouard, 1896 em. Pawlowski et al. 2013
                • Řád Spirillinida Hohenhegger & Piller, 1975 em. Pawlowski et al. 2013
            • Infrakmen Radiozoa Cavalier-Smith, 1987 em. stat. n. 2018
              • Třída Polycystinea Ehrenberg, 1838 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Collodarida Haeckel, 1881 (jakožto Collodaria)
                • Řád Nassellaria Ehrenberg, 1875
                • Řád Spumellaria Ehrenberg, 1875
              • Třída Acantharea Haeckel, 1881 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Arthracanthida Schewiakoff, 1926 (včetně Symphyacanthida)
                • Řád Chaunacanthida Schewiakoff, 1926
                • Řád Holacanthida Schewiakoff, 1926
                • Řád Acanthoplegmida Rechetniak, 1981 (X)
            • Infrakmen Sticholonchia Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Sticholonchea Poche, 1913 stat. n. Petruschevskaya, 1977
                • Řád Taxopodida Fol, 1883
    • Podříše Hacrobia Okamoto et al. ex Cavalier-Smith, 2010 (P)[36][40][24]
      • Kmen Cryptista Cavalier-Smith, 1989 em. 2015
        • Podkmen Rollomonadia Cavalier-Smith, 2013
          • Nadtřída Cryptomonada Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015
            • Třída Cryptophyceae Fritsch in West & Fritsch, 1927
            • Třída Goniomonadea Cavalier-Smith, 1993
          • Nadtřída Leucocrypta Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015 [=Kathablepharida Cavalier-Smith, 1993 (jakožto řád)]
            • Třída Leucocryptea Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Palpitia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
          • Třída Palpitea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
        • Podkmen Corbihelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
          • Nadtřída Endohelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
            • Třída Endohelea Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
          • Nadtřída Corbistoma Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
            • Třída Picomonadea Seenivasan et al., 2013 – pikomonády
            • Třída Telonemea Cavalier-Smith, 1993
      • Kmen Haptista Cavalier-Smith, 2003 stat. n. 2015
        • Podkmen Haptophytina Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015[≈Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986][41]
          • Třída Coccolithophyceae Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951 [=Prymnesiophyceae Hibberd em. Cavalier-Smith, 1996] – kokolitky
          • Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986
          • Třída Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis, 2015 – rappemonády
        • Podkmen Heliozoa Haeckel 1866 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2015
          • Třída Centrohelea Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993 [=Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987] – centrohelidní slunivky

Fylogenetické stromy

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”[42] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2020) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:

  • Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea[4] (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád[21][43]) a Diaphoretickes[4] (obdobná dříve zavedené skupině Corticata[44][45]).
  • Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) [46], neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu není dosud přesvědčivě rozhodnuto.
  • Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly,[47][45] ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas.[2][pozn. 5]
  • Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),[4][48][49] namíslo skupiny Hacrobia[50][51][52][48] s nedostatečně potvrzenou přirozeností[pozn. 6] uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu),[24][2] a to podle aktuálních (2020) představ o jejich přirozeném postavení, tedy Cryptista jako sesterskou skupinu k Archaeplastida a Haptista jako sesterskou k TSAR.[55][56]

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

 
[57][pozn. 7]

Hemimastigophora=Spironemida

 
Diaphoretickes≈Corticata[4][44][52][45]
klad „CA“[55][56]/„CAM“[58]
Archaeplastida[59][60][pozn. 8]
 
[pozn. 9]

Picozoa[65] (dříve Picobiliphyta)[66]

 
 
[62]

Rhodelphidia

 
Rhodophyta

►

 
 
 
(P?)[pozn. 10]
 

Glaucophyta

 
Viridiplantae=Chloroplastida

►

 
 
 
Pancryptista[58]
 

Microheliella maris

 
Cryptista[24][50][36][pozn. 11]
 
Cryptophyta
 

Katablepharidae

 
 
 

Cryptomonadales

 
 

Goniomonadales

 
 
 
 

Palpitomonas[pozn. 12]

 
 
(P)

Endohelea

 
 
 
 
[55][56]
 
Alveida[12]

Ancoracysta[67][62]

 
Haptista[24][50][36] (P)[pozn. 13]
Haptophyta[52]
 

Pavlovaphyceae

 
[71]
 

Rappephyceae[72]

 
 

Prymnesiophyceae

 
 
 
Heliozoa[73]

Centrohelida

 
 
 
TSAR[54]
 

Telonema[pozn. 14]

 
Sar=Harosa[48][49][4]
Halvaria[18] (P)
Stramenopila=Heterokonta

►

 
Alveolata[74]
 
Myzozoa
 
 

Apicomplexa=Sporozoa

 
 

Chrompodellida (P)[75][76](Chromera, Vitrella, Colpodellida)

 
 
 
 

Dinoflagellata

 
 

Perkinsozoa

 
 
 
Ciliata=Ciliophora

►

 
 
[77][pozn. 15]

Colponemida

 
 
 
Rhizaria[78][60][79][80]

►

 
 
 
 
 
 
Discoba[45]
[81]
Discicristata
Euglenozoa

►

 
 

Percolozoa=Heterolobosea v širším smyslu

 
 
 

Tsukubamonas[82]

 
 
[83]

Jakobea=Loukozoa v užším smyslu

 
 
Metamonada (P)
 
[84]

Anaeramoebae

 
Parabasalia[pozn. 16]

►

 
 
 
 

Preaxostyla=Anaeromonada[86]

 
 

Fornicata

 
 
 
[68][pozn. 17] (P) [pozn. 18]
 

Malawimonas

 
 

Ancyromonadida=Planomonadida[88][pozn. 19]

 
 
Podiata[21]
CRuMs[68][pozn. 20] (P)[57]
 

Mantamonadida[94]

 
 
 

Diphyllatea=Collodictionida[95][93]

 
 

Rigifilida (vč. Micronucleariida)

 
 
 
Amorphea[4]
Amoebozoa[96][97][98][19][99][7][31]

►

 
Obazoa[92][93]
 

Breviatea[pozn. 21]

 
[102]
 

Apusomonadida

 
Opisthokonta[103][104][105]
Nucletmycea=Holmycota[106]
Cristidiscoidea=Rotosphaerida[107]
 

Nucleariida

 
 
 

Parvularia[108]

 
 

Fonticula[109]

 
 
 
Fungi

►

 
 
Holozoa[104][105][102][34]
Ichthyosporea (P)[110]
Ichthyophonida
 

Eccrinida

 
 

Sphaeroformida

 
 
 

Dermocystida

 
 
 
Pluriformea=Corallochytrea (P)[pozn. 22]
 

Corallochytrium

 
 

Syssomonas

 
 
Filozoa
Filasterea[pozn. 23]
[111]

Ministeria + Txikispora

 
 

Capsaspora + Pigoraptor

 
 
Choanozoa
 

Choanoflagellata

 
Metazoa=Animalia

►

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Kořen fylogenetického stromu eukaryot

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.[112][46]

V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:

LECA    
Diphoda
 

Metamonada

 
 
 

Discoba

 
 
 

Hemimastigophora=Spironemida

 
 

Diaphoretickes≈Corticata

 
 
 
 
Opimoda
(P)
 

Malawimonas

 
 

Ancyromonadida=Planomonadida

 
 
Podiata
 

CRuMs

 
 

Amorphea

 
 
 
 
  • Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.[113] Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba).[114] Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.[115] Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti[46], nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.[116][pozn. 17] Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády), jak ukazuje první schéma vpravo.
LECA    
 

Euglenozoa

 
 
 

Percolozoa

 
 
 

Tsukubamonas

 
 
 

Jakobea

 
 
 
 

Hemimastigophora=Spironemida

 
 

Diaphoretickes≈Corticata

 
 
Scotocaryotes
 
 

Malawimonas

 
 

Metamonada

 
 
Podiata
 

Varisulca (P)

 
 

Amorphea

 
 
 
 
 
 
 
 
  • Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty,[18][12] vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády[21][33]). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie[117] a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
  • Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene v metamonádách[118] nebo uvnitř Discoba na větvi k jakobidům[119].

Určitou analytickou podporu nalezly některé další hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:

  • Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida.[120] Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.[46]
  • Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami[90] byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin.[121] Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.[46]
  • Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta)[122]. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělení eukaryot.[114] Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií[87], ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.[46]

Odkazy

Poznámky
  1. Do barevných řas v širším smyslu byla navíc řazena fotosyntetizující Alveolata, Rhizaria a Cryptista a jednalo se tak o polyfyletickou skupinu Chromophyta patřící do rostlin, nyní nepoužívanou.[11]
  2. Třídy Filasterea, Corallochytrea a Ichthyosporea sdružuje Cavalier-Smith do nadtřídy Filosporidia,[33] která je však nepřirozená.[34]
  3. Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou[4][36][37][38], i když některé nové studie podporují jejich přirozenost[24].
  4. Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.[39]
  5. Uvnitř exkavát pravděpodobně leží kořen eukaryot; pro jeho přesnou pozici existuje více vzájemně se vylučujících hypotéz.[46][12]
  6. Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)[49]. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”[48][24] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe (resp. TSAR – včetně telonemid). Třetí pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř[53]) archaeplastid a haptofyt, centrohelidních slunivek a telonemid na bázi holofyletických TSAR.[36][54].
  7. Alternativní umístění hemimastigofor/spironemid, ale s nižší statistickou podporou, je na bázi větve tvořené skupinami Haptista a SAR[57]/TSAR, kde může tvořit přirozenou skupinu se sesterskými Centrohelida a bazálněji postaveným rodem Ancoracysta[58]
  8. Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí[61] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[53] Novější studie z r. 2019 a 2021 ukazují, že je asi parafylie Archaeplastid artefaktem způsobeným tzv. přitahováním dlouhých větví.[62][58] Monofylii Archaeplastida podporují i nové studie z r. 2020, zaměřené na vývoj plastidů, které podrobně analyzují rozpory dřívějších studií.[55][56]
  9. Zatímco dříve byla Picobiliphyta řazena do příbuzenstva skrytěnek, v novějších analýzách vycházejí Picozoa jako vnitřní větev Archeaplastida sesterská k ruduchám (zpravidla bez zahrnutí Rhodelphidia do analýzy) nebo k ruduchám + Rhodelphidia[63][64], případně jako skupina sesterská k celým Archaeplastida.[24][53][57][58]
  10. Zatímco dříve byly (zejména z důvodů morfologie plastidů) za jednoznačnou bazální větev vývojového stromu rostlin považována Glaucophyta, z novějších studií zpravidla vycházejí bazálněji ruduchy.[67][68][57][62]
  11. Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[53] Novější studie z r. 2019 ukazuje, že je asi parafylie Archaeplastid artefaktem způsobeným tzv. přitahováním dlouhých větví.[62]
  12. Některé dřívější studie studie kladly Palpitomonas na bázi rostlin (Archaeplastida)[69] nebo na bázi hacrobií.[70]
  13. V některých novějších analýzách se Haptista jeví polyfyletická, přičemž Haptophyta leží uvnitř TSAR jako sesterská k telonemidům, centrohelidní slunivky jsou postavená bazálněji a mohou tvořit přirozenou skupinu se sesterskými Hemimastigophora a bazálněji postaveným rodem Ancoracysta[58]
  14. Některé dřívější studie studie kladly rod Telonema do příbuzenstva haptofyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.[50] Později byl řazen do příbuzenstva skrytěnek, např. jako sesterská skupina Picozoa.[24]
  15. Dříve byli považovaní za nejbazálnější skupinu alveolát nálevníci a Colponemida byla sesterská skupina k Myzozoa.[39]
  16. dříve byli Parabasalia považováni za sesterskou skupinu fornikát, se kterými tvořili společnou skupinu Trichozoa[85]
  17. Novější studie z r. 2018, zaměřená na postavení skupiny Hemimastigophora, klade metamonády společně s ankyromonádami jakožto sesterskou skupinou na bázi Opimoda; statistická podpora pro to je však nízká.[57] K podobnému výsledku dospěla studie z r. 2021, zaměřená však na postavení rostlin a skrytěnek.[58]
  18. Některé studie řadily Malawimonas buď do CRuMs/Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,[33][43] nebo dovnitř Amorphea.[87] Jiné analýzy s vypuštěním rychle proměnných úseků a taxonů s dlouhými větvemi však ukazují na oprávněnost nadále považovat malawimonády za blízké metamonádám.[43]
  19. Některé analýzy řadí ankyromonády dovnitř skupiny CRuMs (v tom případě nazývané Varisulca) jako sesterskou skupinu mantamonád.[21][33]
  20. Tato skupina je pozůstatkem původního kmene Apusozoa[89][90] po vyčlenění skupiny Discocelida a Hemimastigida do Rhizaria: Filosa[91] a apusomonád do Obazoa.[92] Naposledy byly z přirozeného kladu zbylého z Apusozoa, do té doby nazývaného Varisulca[21][33], vyřazeny ankyromonády/planomonády.[68] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývala někdy řazena na bázi měňavkovců.[93][92]
  21. Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.[100][101]
  22. Podle některých molekulárních fylogenetických studií je Syssomonas sesterskou skupinou filozoí a linie ke Corallochytrium se odvětvuje bazálněji,[108] případně tvoří společný klad Teretosporea s plísňovkami (Ichthyosporea) jakožto jejich sesterská skupina.[102]
  23. Podle fylogenetické studie zahrnující nově popsaný rod Txikispora vycházejí Filasterea, i když s relativně nízkou podporou, jako sesterská skupina plísňovek (Ichthyosporea), a Filozoa jsou tak nepřirozenou skupinou.[111]

Reference
  1. BioLib – Eukaryota (jaderní)
  2. ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: . PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12691. PMID 30257078. (anglicky)
  3. Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399–451. Dostupné online [cit. 2020-02-25]. Dostupné také na: .
  4. ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429–514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429–514. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky)
  5. Erratum. S. 321. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 11. březen 2013. Svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12033. (anglicky)
  6. BERNEY, Cédric, et al. UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology!. S. 407–411. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 24. březen 2017. Svazek 64, čís. 3, s. 407–411. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12414. (anglicky)
  7. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. S. 275–296. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 18. březen 2016. Svazek 99, s. 275–296. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev. 2016.03.023. PMID 27001604. (anglicky)
  8. BASS, David; CZECH, Lucas; WILLIAMS, Bryony A. P.; BERNEY, Cédric; DUNTHORN, Micah; MAHÉ, Frederic; TORRUELLA, Guifré, STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Tom A. Clarifying the Relationships between Microsporidia and Cryptomycota. S. 773–782. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 28. duben 2018. Svazek 65, čís. 6, s. 773–782. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12519. PMID 29603494. (anglicky)
  9. TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN 1878-9129. DOI 10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
  10. TORRUELLA, Guifré; GRAU-BOVÉ, Xavier; MOREIRA, David; KARPOV, Sergey A.; BURNS, John A.; SEBÉ-PEDRÓS, Arnau; VÖLCKER, Eckhard, LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The aphelid-like phagotrophic origins of fungi. BioRχiv [online]. 17. srpen 2018. Online před tiskem. Dostupné online. DOI 10.1101/233882. (anglicky)
  11. ČIHAŘ, Jiří, a kol. Příroda v ČSSR. Ilustrace ZPĚVÁK, Jaromír. 1. vyd. Praha: Práce, 1976. 384 s. Dostupné online. 24-110-76. Kapitola (III) Systematický přehled rostlin a živočichů – Rostliny, s. 40.
  12. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO,, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria. S. 1517–1574. Protoplasma [online]. Springer Nature, 17. duben 2018. Svazek 255, čís. 5, s. 1517–1574. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1615-6102. DOI 10.1007/s00709-018-1241-1. PMID 29666938. (anglicky)
  13. CAVALIER-SMITH, Thomas. A revised six-kingdom system of life. S. 203–266. Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society [online]. Cambridge Philosophical Society, John Wiley & Sons, Inc., srpen 1998. Svazek 94, čís. 3, s. 203–266. Dostupné online. PDF . PDF [www.vliz.be/imisdocs/publications/ocrd/63633.pdf]. ISSN 1469-185X. DOI 10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. (anglicky)
  14. CAVALIER-SMITH, Thomas. Eukaryote kingdoms: seven or nine?. S. 461–481, Tabulka 11. Biosystems [online]. Elsevier Ireland Ltd., 1981. Svazek 14, čís. 3–4, s. 461–481. Dostupné online. PDF . ISSN 0303-2647. PMID 7337818. (anglicky)
  15. CAVALIER-SMITH, Thomas. Only six kingdoms of life. S. 1251–1262. Proceedings of the Royal Society B [online]. 22. červenec 2004. Svazek 271, čís. 1545, s. 1251–1262. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2004.2705. PMID 15306349. (anglicky)
  16. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E-Y. Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kingdom Chromista). S. 388–420. Journal of Molecular Evolution [online]. 22. březen 2006. Svazek 62, čís. 4, s. 388–420. PDF . PDF (příloha) . ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-004-0353-8. PMID 16557340. (anglicky)
  17. CAVALIER-SMITH, Thomas; NIKOLAEV, Sergey. The Zooflagellates Stephanopogon and Percolomonas are a Clade (Class Percolatea: Phylum Percolozoa). S. 501–509. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 24. červenec 2008. Svazek 55, čís. 6, s. 501–509. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x. PMID 19120795. (anglicky)
  18. CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. S. 342–345. Biology Letters [online]. 23. prosinec 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 6, čís. 3, s. 342–345. Data supplement, s. 2. Dostupné online. pdf . doc . ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2009.0948. (anglicky)
  19. SMIRNOV, Alexey V.; CHAO, Ema E.; NASSONOVA, Elena S.; CAVALIER-SMITH, Thomas. A Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa). Protist. Elsevier B.V., 28. červenec 2011, svazek 162, čís. 4, s. 545–570. Dostupné online. PDF . ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.04.004. PMID 21798804. (anglicky)
  20. CAVALIER-SMITH, Thomas; OATES, Brian. Ultrastructure of Allapsa vibrans and the Body Plan of Glissomonadida (Cercozoa). S. 165–187. Protist [online]. Elsevier GmbH, 29. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 2, s. 165–187. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.006. PMID 22209009. (anglicky)
  21. CAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. S. 115–178. European Journal of Protistology [online]. 19. říjen 2012. Svazek 49, čís. 2, s. 115–178. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.06.001. (anglicky)
  22. CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. S. 328–353. European Journal of Protistology [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 49, čís. 3, s. 328–353. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.09.002. (anglicky)
  23. CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. S. 472–495. European Journal of Protistology [online]. 30. čeren 2014. Svazek 50, čís. 5, s. 472–495. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2014.07.002. (anglicky)
  24. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. S. 331–362. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Srpen 2015. Svazek 93, s. 331–362. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID 26234272. (anglicky)
  25. CAVALIER-SMITH, Thomas. Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa. S. 250–276. European Journal of Protistology [online]. 15. září 2016. Svazek 56, s. 250–276. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2016.09.003. (anglicky)
  26. CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences. S. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Protoplasma [online]. Springer Nature, 5. září 2017. Svazek 255, čís. 1, s. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Dostupné online. Dostupné také na: . PDF (příloha ESM 1) . ISSN 1615-6102. DOI 10.1007/s00709-017-1147-3. PMID 28875267. (anglicky)
  27. In: ROSKOV, Y., NICOLSON, D.; BAILLY, N.; KIRK, P. M.; BOURGOIN, T., DeWALT R.E., DECOCK W., NIEUKERKEN E. van, ZARUCCHI J., PENEV L. Species 2000 & ITIS Catalogue of Life. [s.l.]: Species 2000: Naturalis, Leiden, the Netherlands, 2019. [www.catalogueoflife.org/col Dostupné online]. ISSN 2405-8858. Kapitola Classification. (anglicky)
  28. RUGGIERO, Michael A.; GORDON, Dennis P.; ORRELL, Thomas M., BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; CAVALIER-SMITH, Thomas; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M. A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE [online]. 29. duben 2015. Svazek 10, čís. 4: e0119248. Dostupné online. PPT . PNG . ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0130114. PMID 25923521. (anglicky)
  29. RUGGIERO, Michael A.; GORDON, Dennis P.; ORRELL, Thomas M., BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; CAVALIER-SMITH, Thomas; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M. Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE [online]. 11. červen 2015. Svazek 10, čís. 6: e0130114. Dostupné online. PPT . PNG . ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0130114. PMID 26068874. (anglicky)
  30. HARDING, Tommy; BROWN, Matthew W.; PLOTNIKOV, Andrey; SELIVANOVA, Elena; PARK, Jong Soo; GUNDERSON, John H.; BAUMGARTNER, SILBERMAN, Jeffrey D.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Amoeba Stages in the Deepest Branching Heteroloboseans, Including Pharyngomonas: Evolutionary and Systematic Implications. S. 272–286. Protist [online]. 27. září 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 272–286. Dostupné online. DOI 10.1016/j.protis.2012.08.002. PMID 23021907. (anglicky)
  31. KANG, Seungho; TICE, Alexander K.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D.; PÁNEK, Tomáš; ČEPIČKA, Ivan; KOSTKA, Martin, KOSAKYAN, Anush; ALCÂNTARA, Daniel M. C.; ROGER, Andrew J.; SHADWICK, Lora L.; SMIRNOV, Alexej; KUDRJAVCEV, Alexander; LAHR, Daniel J. G.; BROWN, Matthew W. Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae. S. 2258–2270. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 15. květen 2017. Svazek 34, čís. 9, s. 2258–2270. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msx162. PMID 28505375. (anglicky)
  32. TEKLE, Yonas I.; ANDERSON, O. Roger; KATZ, Laura A.; MAURER-ALCALÁ, Xyrus X.; ROMERO, Mario Alberto Cerón; MOLESTINA, Robert. Phylogenomics of ‘Discosea’: A new molecular phylogenetic perspective on Amoebozoa with flat body forms. S. 144–154. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Elsevier Inc., 22. březen 2016. Svazek 99, s. 144–154. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.03.029. PMID 27015898. (anglicky)
  33. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71–85. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275. (anglicky)
  34. HEHENBERGER, Elisabeth; TICHONĚNKOV, Denis Viktorovič; KOLÍSKO, Martin; DEL CAMPO, Javier; ESAULOV, Anton S.; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals. S. 2043–2050.e6. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 22. červen 2017. Svazek 27, čís. 13, s. 2043–2050.e6. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2017.06.006. PMID 28648822. (anglicky)
  35. KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1–11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1–11. Dostupné online. DOI 10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
  36. BURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. S. 2246–2254. Proceedings of the Royal Society B [online]. 7. červen 2012 [cit. 2012-05-29]. Svazek 279, čís. 1736, s. 2246–2254. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2011.2301. (anglicky)
  37. BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. S. 1698–1709. Molecular Biology and Evolution [online]. 1.. březen 2010. Svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF . ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msq059. PMID 20194427. (anglicky)
  38. STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. S. 1–16. BMC Genomics [online]. 20. říjen 2009. Svazek 10, čís. 484, s. 1–16. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2164. DOI 10.1186/1471-2164-10-484. PMID 19843329. (anglicky)
  39. TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. S. 1–16. PLoS ONE [online]. 16. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1–16. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.pone.0095467. (anglicky)
  40. WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. S. 518–533. Systematic biology [online]. 23. červenec 2010. Svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF . ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/syq037. PMID 20656852. (anglicky)
  41. EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. S. 19–35. Phycologia [online]. 4. únor 2000. Svazek 39, čís. 1, s. 19–35. Dostupné online. PDF . ISSN 0031-8884. DOI 10.2216/i0031-8884-39-1-19.1. (anglicky)
  42. Tree of Life: Eukaryotes
  43. HEISS, Aaron A.; KOLISKO, Martin; EKELUND, Fleming; BROWN, Matthew W.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Combined morphological and phylogenomic re-examination of malawimonads, a critical taxon for inferring the evolutionary history of eukaryotes. S. 1–13. Royal Society Open Science [online]. Royal Society, 4. duben 2018. Svazek 5, čís. 4: 171707, s. 1–13. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 2054-5703. DOI 10.1098/rsos.171707. PMID 29765641. (anglicky)
  44. BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366–369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366–369. Dostupné online. PDF . ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922. (anglicky)
  45. HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859–3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI 10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)
  46. ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270–273. Vesmír [online]. 4. květen 2017 [cit. 2017-08-22]. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270–273. Dostupné v archivu pořízeném dne 2017-08-22. ISSN 1214-4029.
  47. SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27–54. (anglicky)
  48. BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1–6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1–6. Dostupné online. PDF . DOI 10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky)
  49. KIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. S. 1–10, e2621. PLoS ONE [online]. 9. červenec 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 7, s. 1–10. Dostupné online. PDF . DOI 10.1371/journal.pone.0002621. (anglicky)
  50. OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1–11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1–11. Dostupné online. PDF . DOI 10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)
  51. KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1–8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky)
  52. BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231–238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231–238. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp022. (anglicky)
  53. BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky)
  54. STRASSERT, Jürgen F. H.; JAMY, Mahwash; MYLNIKOV, Alexander P.; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien. New phylogenomic analysis of the enigmatic phylum Telonemia further resolves the eukaryote tree of life. S. 757–765. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 22. leden 2019. Svazek 34, čís. 4, s. 757–765. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msz012. (anglicky)
  55. IRISARRI, Iker; STRASSERT, Jürgen F. H.; BURKI, Fabien. Phylogenomic Insights into the Origin of Primary Plastids. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 4. srpen 2020 [cit. 2020-12-02]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.08.03.231043. (anglicky)
  56. STRASSERT, Jürgen F. H.; IRISARRI, Iker; WILLIAMS, Tom A.; BURKI, Fabien. A molecular timescale for the origin of red algal-derived plastids. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 21. srpen 2021 [cit. 2020-12-02]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.08.20.259127. (anglicky)
  57. LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-018-0708-8. PMID 30429611. (anglicky)
  58. YAZAKI, Euki; YABUKI, Akinori; IMAIZUMI, Ayaka; KUME, Keitaro; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Phylogenomics invokes the clade housing Cryptista, Archaeplastida, and Microheliella maris. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 31. srpen 2021 [cit. 2021-11-25]. Preprint před vydáním. Dostupné online. DOI 10.1101/2021.08.29.458128. (anglicky)
  59. RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky)
  60. CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338–348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI 10.1078/0932-4739-00002. (anglicky)
  61. NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, čís. 3, s. 872–880. DOI 10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky)
  62. GAWRYLUK, Ryan M. R.; TIKHONENKOV, Denis V.; HEHENBERGER, Elisabeth; HUSNIK, Filip; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Non-photosynthetic predators are sister to red algae. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 17. červenec 2019. Online před tiskem. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-019-1398-6. PMID 31316212. (anglicky)
  63. SCHÖN, Max Emil, et al. Picozoa are archaeplastids without plastid. ResearchGate [online]. 2021-04-14 [cit. 2022-01-04]. Preprint. Dostupné online. DOI 10.1101/2021.04.14.439778. (anglicky)
  64. SCHÖN, Max Emil; ZLATOGURSKY, Vasily; SINGH, Roha P.; POIRIER, Camille; WILKEN, Susanne; MATHUR, Varsha; STRASSERT, Jürgen F. H. Single cell genomics reveals plastid-lacking Picozoa are close relatives of red algae. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-11-17 [cit. 2022-01-04]. Svazek 12: 6651. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 2041-1723. DOI 10.1038/s41467-021-26918-0. PMID 34789758. (anglicky)
  65. SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. S. 1–18. PLoS ONE [online]. 26. březen 2013. Svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1–18. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0059565. (anglicky)
  66. NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky)
  67. JANOUŠKOVEC, Jan; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien; HOWE, Alexis T.; ROHWER, Forest L.; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. A New Lineage of Eukaryotes Illuminates Early Mitochondrial Genome Reduction. S. 3717–3724.e5. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 22. listopad 2017. Svazek 27, čís. 23, s. 3717–3724.e5. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2017.10.051. PMID 29174886. (anglicky)
  68. BROWN, Matthew W.; HEISS, Aaron A.; KAMIKAWA, Ryoma; INAGAKI, Yuji; YABUKI, Akinori; TICE, Alexander K.; SHIRATORI, Takashi, ISHIDA, Ken-Ichiro; HASHIMOTO, Tetsuo; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group. S. 427–433. Genome Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 19. leden 2018. Svazek 10, čís. 2, s. 427–433. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evy014. PMID 29360967. (anglicky)
  69. YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523–538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156. (anglicky)
  70. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Oxnerella micra sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa. S. 574–601. Protist [online]. 6. únor 2012. Svazek 163, s. 574–601. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.12.005. (anglicky)
  71. KAWACHI, Masanobu; NAKAYAMA, Takuro; KAMIKAWA, Ryoma, et al. Rappemonads are haptophyte phytoplankton. S. P2395-2403.E4. Current Biology [online]. 2021-03-26 [cit. 2021-08-17]. Svazek 31, čís. 11, s. P2395-2403.E4. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2021.03.012. PMID 33773100. (anglicky)
  72. KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox, Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. S. 1496–1500. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 4. leden 2011 [cit. 2011-01-26]. Svazek 108, čís. 4, s. 1496–1500. Dostupné online. PDF . ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1013337108. (anglicky)
  73. YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. S. 356–388. Protist [online]. 7. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.001. (anglicky)
  74. GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147–154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI 10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky)
  75. JANOUŠKOVEC, Jan; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien; HOWE, Alexis T.; KOLÍSKO, Martin; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Factors mediating plastid dependency and the origins of parasitism in apicomplexans and their close relatives. S. 10 200 – 10 207. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 25. únor 2015. Svazek 112, čís. 33, s. 10 200 – 10 207. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1423790112. PMID 25717057. (anglicky)
  76. MATHUR, Varsha; DEL CAMPO, Javier; KOLÍSKO, Martin; KEELING, Patrick J. Global diversity and distribution of close relatives of apicomplexan parasites. S. 2824–2833. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 24. duben 2018. Svazek 20, čís. 8, s. 2824–2833. Dostupné online. Dostupné také na: . PDF . ISSN 1462-2920. DOI 10.1111/1462-2920.14134. PMID 29687563. (anglicky)
  77. TIKHONENKOV, Denis V.; STRASSERT, Jürgen F. H.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P.; ALEOSHIN, Vladimir V.; BURKI, Fabien; KEELING, Patrick J. Predatory colponemids are the sister group to all other alveolates. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Elsevier Inc., 21. duben 2020 [cit. 2020-06-25]. Svazek 149: 106839. Dostupné online. preprint . ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2020.106839. PMID 32325195. (anglicky)
  78. BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922–1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msl055. (anglicky)
  79. PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16–25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky)
  80. SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. S. 53–59. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 29. prosinec 2012. Svazek 67, čís. 1, s. 53–59. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2012.12.011. (anglicky)
  81. KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. S. 306–315. Genome Biology and Evolution [online]. 21. leden 2014. Svazek 6, čís. 2, s. 306–315. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982. (anglicky)
  82. YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. S. 319–331. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 13. květen 2011. Svazek 58, čís. 4, s. 319–331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. (anglicky)
  83. LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata), Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. S. 112–120. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 25. leden 2006 [cit. 2011-01-04]. Svazek 53, čís. 2, s. 112–120. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x. (anglicky)
  84. STAIRS, Courtney W.; ČEPIČKA, Ivan; TÁBORSKÝ, Petr; SALOMAKI, Eric D.; KOLISKO, Martin; PÁNEK, Tomáš; EME, Laura. Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes. S. 5605–5612. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 2021-10-27 [cit. 2022-02-24]. Svazek 31, čís. 24, s. 5605–5612. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2021.10.010. (anglicky)
  85. CAVALIER-SMITH, Thomas. The excavate protozoan phyla Metamonada Grassé emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) and Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): their evolutionary affinities and new higher taxa. S. 1741–1758. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 1. listopad 2003. Svazek 53, čís. 6, s. 1741–1758. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02548-0. PMID 14657102. (anglicky)
  86. Excavata na stránkách projektu Tree to Strain
  87. DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277–1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
  88. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535–562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky)
  89. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Dostupné online [abstrakt]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky)
  90. CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. S. 297–354. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Březen 2002 [cit. 2009-10-08]. Svazek 52, čís. 2, s. 297–354. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. PMID 11931142. (anglicky)
  91. CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David. Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. S. 591–620. Protist [abstrakt]. 21. říjen 2008 [cit. 2010-01-07]. Svazek 159, čís. 4, s. 591–620. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.04.002. (anglicky)
  92. BROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. S. 1–9. Proceedings of the Royal Society B [online]. 28. srpen 2013. Svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1–9. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2013.1755. PMID 23986111. (anglicky)
  93. ZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. S. 462–468. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 23. srpen 2013. Svazek 69, čís. 3, s. 462–468. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID 23973893. (anglicky)
  94. GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. Duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Dostupné online [abstrakt]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky)
  95. ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon — An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557–1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. PDF . ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/mss001. (anglicky)
  96. SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1–13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1–13. Dostupné online. PDF . (anglicky)
  97. FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55–70. Protist [abstrakt]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55–70. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky)
  98. LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. S. 1–17, e22780. PLoS ONE [online]. 28. červenec 2011. Svazek 6, čís. 7, s. 1–17. Dostupné online. PDF . ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0022780. (anglicky)
  99. CAVALIER-SMITH, Thomas; FIORE-DONNO, Anna Maria; CHAO, Ema E., Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 20. srpen 2014, svazek 83, s. 293–304. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787. (anglicky)
  100. KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant, Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762–773. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky)
  101. HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. S. 354–372. European Journal of Protistology [online]. Srpen 2013. Svazek 49, čís. 3, s. 354–372. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2013.01.001. (anglicky)
  102. TORRUELLA, Guifré; MENDOZA, Alex de, et al. Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi. S. 2404–2410. Current Biology [online]. 10. září 2015. Svazek 25, čís. 18, s. 2404–2410. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2015.07.053. PMID 26365255. (anglicky)
  103. BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11 558 – 11 562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky)
  104. RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664–672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msn006. (anglicky)
  105. SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1–7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1–7. Dostupné online. PDF . (anglicky)
  106. Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
  107. CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. S. 26–33. Journal of eukaryotic microbiology [online]. 14. říjen 2008. Svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x. (anglicky)
  108. ARROYO, Alicia S.; LÓPEZ-ESCARDÓ, David; KIM, Eunsoo; RUIZ-TRILLO, Iñaki; NAJLE, Sebastián R. Novel Diversity of Deeply Branching Holomycota and Unicellular Holozoans Revealed by Metabarcoding in Middle Paraná River, Argentina. S. 1–17. Frontiers in Ecology and Evolution [online]. Frontiers Media S.A., 12. červenec 2018. Svazek 6, čís. 99, s. 1–17. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 2296-701X. DOI 10.3389/fevo.2018.00099. (anglicky)
  109. BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF . ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
  110. REYNOLDS, Nicole K.; SMITH, Matthew E.; TRETTER, Eric D.; GAUSE, Justin; HEENEY, Dustin; CAFARO, Matías J.; SMITH, James F., NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M. Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida). S. 447–464. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 20. únor 2017. Svazek 109, s. 447–464. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2017.02.007. PMID 28219758. (anglicky)
  111. URRUTIA, Ander; MITSI, Konstantina; FOSTER, Rachel; ROSS, Stuart; CARR, Martin; WARD, Georgia M.; AERLE, Ronny van. Txikispora philomaios n. sp., n. g., a micro-eukaryotic pathogen of amphipods, reveals parasitism and hidden diversity in Class Filasterea. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 2021-11-02 [cit. 2022-02-02]. Roč. 2021: e12875. Online před tiskem. Dostupné online. preprint . preprint . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12875. PMID 34726818. (anglicky)
  112. FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631–642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631–642. Dostupné online. PDF . DOI 10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky)
  113. PITTIS, Alexandros A.; GABALDÓN, Toni. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry. S. 101–104. Nature [online]. 3. únor 2016. Svazek 531, čís. 7592, s. 101–104. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/nature16941. (anglicky)
  114. DERELLE, Romain; TORRUELLA, Guifré; KLIMEŠ, Vladimír; BRINKMANN, Henner; KIM, Eunsoo; VLČEK, Čestmír; LANG,, B. Franz, ELIÁŠ, Marek. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. S. E693–E699. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 17. únor 2015. Svazek 112, čís. 7, s. E693–E699. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1420657112. (anglicky)
  115. HE, Ding; FIZ-PALACIOS, Omar; FU, Cheng-Jie; FEHLING, Johanna; TSAI, Chun-Chieh; BALDAUF, Sandra L. An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life. S. 465–470. Current Biology [online]. 17. únor 2014. Svazek 24, čís. 4, s. 465–470. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2014.01.036. (anglicky)
  116. KARNKOWSKA, Anna; VACEK, Vojtěch; ZUBÁČOVÁ, Zuzana; TREITLI, Sebastian C.; PETRŽELKOVÁ, Romana; EME, Laura; NOVÁK, Lukáš, ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. S. 1274–1284. Current Biology [online]. 12. květen 2016. Svazek 26, čís. 10, s. 1274–1284. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2016.03.053. (anglicky)
  117. ŽÁRSKÝ, Vojtěch; TACHEZY, Jan; DOLEŽAL, Pavel. Tom40 is likely common to all mitochondria. S. R479–R481. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 19. červen 2012. Svazek 22, čís. 12, s. R479–R481. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2012.03.057. (anglicky)
  118. ARISUE, Nobuko0; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409–420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msi023. (anglicky)
  119. CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In: Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London: Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)
  120. ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99–113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99–113. Dostupné v archivu pořízeném dne 2010-08-20. pdf . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp011. (anglicky)
  121. KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. S. 653–660. Systematic Biology [online]. 14. únor 2012. Svazek 61, čís. 4, s. 653–660. Dostupné online. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/sys026. (anglicky)
  122. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540–563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2424-z. PMID 12698292. (anglicky)

Externí odkazy
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.