Klasifikace rostlin

Klasifikace rostlin (Archeaplastida), zejména nižších zelených rostlin („zelených řas“) prošla v posledních desetiletích, podobně jako klasifikace nadřazené úrovně Eukaryota, důkladnou revizí na základě fylogenetických studií, které pomohly odhalit vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých taxonů.

Změnilo se vymezení tradiční rostlinné říše (sinice byly přeřazeny do domény Bacteria, většina „barevných řas“ byla přeřazena do říše Chromista, krásnoočka do říše Excavata).

Do rostlin patří dle současných představ 3 hlavní vývojové linie – glaukofyty, ruduchy a zelené rostliny. Recentní ruduchy pak mají dvě vývojové větve – Cyanidiophyta a Rhodophyta v užším smyslu. Zelené rostliny mají taktéž dvě vývojové větve, z nichž jedna je tvořena pouze zelenými řasami (Chlorophyta), zatímco do druhé (Streptophyta) spadají vedle řas i vyšší rostliny. V roce 2019 byla objevena nepočetná čtvrtá základní, ruduchám blízká, vývojová linie – Rhodelphidia, tvořená volně pohyblivými jednobuněčnými predátory, kteří ztratili schopnost fotosyntézy.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]; k většině taxonů mořských řas však z pochopitelných důvodů nepotřebnosti české ekvivalenty chybějí.

Systém

Níže uvedený systém dobře navazuje např. na uznávané systémy eukaryot (a protože obsahuje aspoň ve své části i taxonomické úrovně, vhodně rozšiřuje například Systém dle Cavaliera-Smithe).

Říše: PLANTAE=ARCHAEPLASTIDA[pozn. 1]

Podříše: Glaucophyta=Glaucocystophyta – glaukofyty (někdy též „modrozelené řasy“)
Podříše: Rhodophyta – ruduchy (zastarale „červené řasy“)
Podříše: Viridiplantae=Chloroplastida – zelené rostliny
Kmen: Rhodelphidia

Glaucophyta jsou nepočetnou skupinou (3 rody: Cyanophora, Glaucocystis, Gloeochaete) nevyžadující podrobné členění. Rhodelphidia mají pouze jediný rod Rhodelphis; jakožto predátoři bez schopnosti fotosyntézy se zpravidla klasifikují jako samostatný protistní kmen). Ruduchy již mají poměrně ustálený systém, představený v jim věnovaném článku. Dříve byly glaukofyty a ruduchy řazeny do společné podříše Biliphyta, molekulární analýzy však ukázaly bližší příbuznost ruduch a zelených rostlin, a proto přestal být taxon Biliphyta v tomto smyslu používán.[pozn. 2]

Tento článek se proto soustředí na zelené rostliny, a to zejména na jejich fylogenetický základ – tedy tzv. „nižší rostliny“. Dvě fylogenetické větve zelených rostlin — Chlorophyta a Streptophyta — jsou v tomto systému označené jako infraříše. Systematika řas byla tradičně zkoumána odděleně od systematiky vyšších rostlin (o čemž svědčí i odlišné přípony názvů tříd a podtříd), což v současnosti přináší jisté problémy v návaznosti obou klasifikací, má-li se důsledně dodržovat hledisko fylogenetického původu a příbuznosti. Klasifikace vyšších rostlin je proto pouze naznačena a podrobné zpracování ponecháno na samostatných článcích.

Ruduchy

Jeden z používaných systémů, podle Saunderse, drobně aktualizovaný:[3][4][5]

kmen: Cyanidiophyta
- třída: Cyanidiophyceae
kmen: Rhodophyta sensu stricto
- podkmen: Metarhodophytina
  - třída: Compsopogonophyceae
  - třída: Porphyridiophyceae
  - třída: Stylonematophyceae
- podkmen: Rhodellophytina
  - třída: Rhodellophyceae
- podkmen: Eurhodophytina
  - třída: Bangiophyceae
  - třída: Florideophyceae
    - podtřída: Ahnfeltiophycidae
    - podtřída: Corallinophycidae
    - podtřída: Hildenbrandiophycidae
    - podtřída: Nemaliophycidae
    - podtřída: Rhodymeniophycidae

„Zelené řasy“

Následující systém zelených řas včetně naznačené návaznosti vyšších rostlin je zpracován podle databáze AlgaeBase[6], která je odborníky na fykologii průběžně aktualizována a proto odráží současné poznatky o příbuznosti jednotlivých skupin. Zatím v systému přetrvává parafyletická třída Prasinophyceae.

Jsou zohledněny i některé nově definované taxony, do databáze dosud nezahrnuté.[7] Systém tak odráží stav aktuální přibližně k začátku roku 2013 s některými aktualizacemi k r. 2016 (s řádkovými referencemi).

Infraříše/kmen: Chlorophyta
Třída: Bryopsidophyceae
Řád: Bryopsidales
Čeledi: Bryopsidaceae, Caulerpaceae, Chaetosiphonaceae, Codiaceae, Derbesiaceae, Dichotomosiphonaceae, Halimedaceae, Ostreobiaceae, Pseudocodiaceae, Rhipiliaceae, Udoteaceae

Třída: Dasycladophyceae
Řád: Dasycladales
Čeledi: Dasycladaceae, Polyphysaceae

Třída: Pedinophyceae
Řád: Pedinomonadales
Čeleď: Pedinomonadaceae

Řád: Scourfieldiales
Čeleď: Scourfieldiaceae

Třída: Pleurastrophyceae
Řád: Pleurastrales
Čeleď: Pleurastraceae
- Podkmen: Prasinophytina
  - Třída: Chloropicophyceae[8]
    Řád: Chloropicales
    Čeleď: Chloropicaceae
  - Třída: Mamiellophyceae
    Řád: Dolichomastigales
    Čeledi: Crustomastigaceae, Dolichomastigaceae
    
    Řád: Mamiellales
    Čeledi: Bathycoccaceae, Mamiellaceae
    
    Řád: Monomastigales
    Čeleď: Monomastigaceae
  - Třída: Nephroselmidophyceae
    Řád: Nephroselmidales
    Čeleď: Nephroselmidaceae
  - Třída: Palmophyllophyceae[9]
    Řád: Palmophyllales
    Čeleď: Palmophyllaceae
    
    Řád: Prasinococcales
    Čeleď: Prasinococcaceae
  - Třída: (Prasinophyceae)
    Řád: Pseudoscourfieldiales
    Čeleď: Pycnococcaceae
    
    Řád: Pyramimonadales
    Čeledi: Polyblepharidaceae, Pterospermataceae, Pyramimonadaceae
    
    incertae sedis Prasinophyceae
    Čeleď: Pterosphaeridiaceae
  - Třída: Picocystophyceae[8]
    Řád: Picocystales
    Čeleď: Picocystaceae
- Podkmen: Tetraphytina
  - Třída: Chlorodendrophyceae
    Řád: Chlorodendrales
    Čeledi: Chlorodendraceae, Halosphaeraceae
  - Třída: Chlorophyceae – zelenivky
    Řád: Chaetopeltidales
    Čeleď: Chaetopeltidaceae
    
    Řád: Chaetophorales
    Čeledi: Aphanochaetaceae, Barrancaceae[10], Chaetophoraceae, Schizomeridaceae, Uronemataceae[10]
    
    Řád: Chlamydomonadales
    Čeledi: Chlamydomonadaceae, Haematococcaceae
    
    Řád: Chlorococcales
    Čeledi: Actinochloridaceae, Characiosiphonaceae, Chlorochytriaceae, Chlorococcaceae, Coccomyxaceae, Cylindrocapsaceae, Dictyosphaeriaceae, Endosphaeraceae, Golenkiniaceae, Hormotilaceae, Hypnomonadaceae, Micractiniaceae, Nautococcaceae, Protosiphonaceae, Rhopalosolenaceae, Scotiellocystoidaceae, Sorastraceae, Sphaerodictyaceae, Sphaeropleaceae, Treubariaceae
    
    Řád: Dunaliellales
    Čeledi: Asteromonadaceae, Dunaliellaceae, Raciborskiellaceae
    
    Řád: Microsporales
    Čeleď: Microsporaceae
    
    Řád: Oedogoniales
    Čeleď: Oedogoniaceae
    
    Řád: Sphaeropleales
    Čeledi: Ankistrodesmaceae, Bracteacoccaceae, Characiaceae, Chlorosarcinaceae, Hydrodictyaceae, Neochloridaceae, Radiococcaceae, Scenedesmaceae, Selenastraceae
    
    Řád: Tetrasporales
    Čeledi: Characiochloridaceae, Chlorangiellaceae, Gloeocystaceae, Gloeodendraceae, Palmellaceae, Palmellopsidaceae, Sphaerocystidaceae, Tetrasporaceae
    
    Řád: Volvocales
    Čeledi: Carteriaceae, Dangeardinellaceae, Goniaceae, Phacotaceae, Spondylomoraceae, Tetrabaenaceae, Volvocaceae
    
    incertae sedis Chlorophyceae
    Čeledi: Chlorangiopsidaceae, Tetracystaceae
  - Třída: Siphonocladophyceae
    Řád: Siphonocladales
    Čeledi: Boodleaceae, Siphonocladaceae, Valoniaceae
  - Třída: Trebouxiophyceae
    Řád: Chlorellales
    Čeledi: Chlorellaceae, Ctenocladaceae, Eremosphaeraceae, Leptosiraceae, Oocystaceae
    
    Řád: Ctenocladales
    Čeleď: Ctenocladaceae
    
    Řád: Microthamniales
    Čeleď: Microthamniaceae
    
    Řád: Prasiolales
    Čeledi: Koliellaceae, Prasiolaceae
    
    Řád: Trebouxiales
    Čeledi: Botryococcaceae, Choricystidaceae, Trebouxiaceae
  - Třída: Ulvophyceae
    Řád: Cladophorales
    Čeledi: Anadyomenaceae, Cladophoraceae, Okellyaceae, Pithophoraceae, Pseudocladophoraceae, Wittrockiellaceae
    
    Řád: Oltmannsiellopsidales
    Čeleď: Oltmannsiellopsidaceae
    
    Řád: Scotinosphaerales[7]
    Čeleď: Scotinosphaeraceae
    
    Řád: Trentepohliales
    Čeleď: Trentepohliaceae
    
    Řád: Ulotrichales
    Čeledi: Borodinellaceae, Chlorocystidaceae, Collinsiellaceae, Gayraliaceae, Gloeotilaceae, Gomontiaceae, Ulotrichaceae
    
    Řád: Ulvales
    Čeledi: Bolbocoleonaceae, Capsosiphonaceae, Cloniophoraceae, Jaoaceae, Kornmanniaceae, Phaeophilaceae, Ulvaceae, Ulvellaceae
Infraříše: Streptophyta[pozn. 3]
- Kmen: Charophyta
  - Třída: Charophyceae
    Řád: Charales – parožnatky
    Čeledi: Aclistocharaceae, Characeae, Clavatoraceae, Porocharaceae
  - Třída: Chlorokybophyceae[12]
    Řád: Chlorokybales[12]
    
    Čeleď: Chlorokybaceae[12]
  - Třída: Coleochaetophyceae
    Řád: Coleochaetales
    
    Čeleď: Coleochaetaceae
  - Třída: Klebsormidiophyceae
    Řád: Klebsormidiales
    Čeledi: Elakatotrichaceae, Klebsormidiaceae
  - Třída: Mesostigmatophyceae
    Řád: Chaetosphaeridiales
    Čeleď: Chaetosphaeridiaceae
    
    Řád: Mesostigmatales
    Čeleď: Mesostigmataceae
  - Třída: Zygnematophyceae – spájivky
    Řád: Desmidiales
    Čeledi: Closteriaceae, Desmidiaceae, Gonatozygaceae, Peniaceae
    
    Řád: Zygnematales
    Čeledi: Mesotaeniaceae, Zygnemataceae
- Kmen: Embryophyta

Jiný alternativní přístup klasifikace, nepoužívající klasické taxonomické ranky, nabízí systém dle Adla a kol.

„Vyšší rostliny“

Členění vyšších rostlin není ustálené, co se týče biologických ranků. Zpravidla jsou jejich skupiny označovány jako oddělení – což je i případ wikipedie. U některých systémů se však systematika pokouší navázat na jiné botanické systémy, ve kterých již sama Embryophyta mají úroveň vyšší či, mnohem častěji, nižší. Příkladem může být snaha navázat systém krytosemenných rostlin APG III na nižší cévnaté rostliny: V návrhu Chase a Reveala je celá skupina odpovídající embryofytům postavena na úroveň třídy, pro kterou je navrženo jméno Equisetopsida, a tradiční oddělení mají úroveň podtříd.[13] Christenhusz a kol. v tomto smyslu rozpracovali a aktualizovali systém recentních kapraďorostů[14][15] a nahosemenných[16].

Následující přehled je proto úmyslně bez taxonomických ranků a jednotlivé skupiny uvádí pod jmény zakončenými tradiční příponou oddělení (-phyta), případně třídy (-opsida), pod kterými zpravidla vystupují v samostatných článcích wikipedie. Nadřazenost je vyjádřena pouhým odsazením. Závorkou vyznačené „tradiční“ skupiny v mnoha moderních systémech jako samostatné klasifikační úrovně nevystupují a fylogenetickou analýzou není dostatečně potvrzena jejich monofyletičnost či je dokonce naznačena jejich parafyletičnost.

Kmen: Embryophyta
- (Bryophyta – mechorosty)
  - Anthocerotophyta – hlevíky
  - Bryopsida – mechy
  - Horneophyteopsida†
  - Marchantiophyta – játrovky
- Tracheophyta – cévnaté rostliny
  - (Rhyniové rostliny)
    - Protracheophyta†
    - Rhyniophyta†
    - Trimerophyta†
    - Zosterophyllophyta†
  - (Pteridophyta – kapraďorosty)
    - Lycopodiopsida – plavuně
    - Monilophyta
      - Equisetopsida – přesličky
      - Polypodiopsida – kapradiny[17]
        Ophioglossidae – hadilky a prutovky
        
        Marattiidae – maracie
        
        Polypodiidae – leptosporangiátní kapradiny
  - Spermatophyta – semenné rostliny
    - Lyginodendrophyta† – kapraďosemenné
    - Cycadeoideophyta† – benetity
    - (Gymnospermae – nahosemenné)
      - Coniferophyta – jehličnany v širším smyslu
        (Pinopsida – jehličnany)
        
        Gnetophyta – liánovcotvaré, dříve též obalosemenné
      - Cycadophyta – cykasorosty
      - Ginkgophyta – jinany
    - Magnoliophyta=Angiospermae – krytosemenné

Fylogenetické stromy

Pomocí fylogenetických stromů lze vhodně zobrazit současné představy o původu a příbuznosti jednotlivých linií rostlin. U recentních druhů pak mohou být podpořeny molekulárními analýzami jaderného a mitochondriálního genomu.

Navíc je v níže uvedených stromech naznačen původ sekundárních a terciárních plastidů v souladu s endosymbiotickou teorií.

Bazální větvení a ruduchy

Současné (začátek r. 2013) představy o fylogenetické příbuznosti základních rostlinných skupin[18] i ruduch[5][19] jsou poměrně ustálené:

Archaeplastida

Glaucophyta

ruduchy

Cyanidiophyceae

	Compsopogonophyceae

	Stylonematophyceae

Porphyridiophyceae

Rhodellophyceae

[20]	plastid chromist

	Bangiophyceae

Florideophyceae

Hildenbrandiophycidae

Nemaliophycidae

Corallinophycidae

	Ahnfeltiophycidae

	Rhodymeniophycidae

zelené_rostliny

►

Některé novější analýzy naznačují, že by se uvnitř superskupiny Archaeplastida mohly odvětvovat skrytěnky a jim blízce příbuzná chromistní eukaryota.[21] Potvrzení takové hypotézy by si vyžádalo revizi nejen výše uvedeného schématu (ruduchy by pak mohly být bazální větví), ale i celého fylogenetického stromu kortikátní linie eukaryot.

Strom „nižších rostlin“

Nadále problematické zůstává bazální větvení skupiny Chlorophyta a dále korunových skupin u Streptophyta.[22][23][24] Na bázi chlorofyt se podle studie z r. 2016 pravděpodobně nejdříve odvětvuje třída Palmophyllophyceae.[9] Co se týká korunových streptofyt, i na základě rozsáhlých aktuálních fylogenetických analýz není dosud rozhodnuto, která ze skupin Coleochaetophyceae, Charophyceae a Zygnematophyceae je sesterskou k vyšším rostlinám.[22][24][25][26][27][28] Aktuální (počátek r. 2014) analýzy se stále větší robustností podporují hypotézu, podle které jsou sesterskou skupinou embryofyt Zygnematophyceae samotní nebo ve společném kladu s Coleochaetophyceae.[29][30]

Fylogenetické stromy ukazují nepřirozenost některých stále používaných taxonů. Např. z parafyletických prasinofyt (Prasinophytina) bylo již dříve vyčleněno několika linií, jako monofyletickou ji však nelze v molekulárních analýzách identifikovat ani v minimalizovaném rozsahu (Prasinophyceae = Prasinococcales + Pycnococcaceae + Pyramimonadales), uváděném např. v systému dle Adla a kol. Nové analýzy také ukazují na bazálnější postavení Chlorellales (tradičně v Trebouxiophyceae), možná jako sesterské skupiny Pedinophyceae.[31]

zelené_rostliny

Chlorophyta

Palmophyllophyceae

	Palmophyllales

	Prasinococcales

[22]	plastid krásnooček

	Pyramimonadales

Mamiellophyceae

Monomastigales

Dolichomastigales

Mamiellales

	Bathycoccaceae

	Mamiellaceae

	Nephroselmidophyceae

	Pycnococcaceae

Picocystophyceae[8]

Chloropicophyceae[8]

(P)

	Pedinophyceae

	Chlorellales[31]

	Chlorodendrophyceae

[22]	plastid obrněnek rodu Lepidodinium

Trebouxiophyceae[31]

klad Pleurastrosarcina

	klad Prasiola (Pabia, Prasiola, Raphidonema, Rosenvingiella, Stichococcus)

	klad Parietochloris

	Microthamniales

	klad Xylochloris (Leptosira, Xylochloris)

Trebouxiales

klad Lobosphaera

	klad Choricystis (Botryococcus, Choricystis)

	klad Elliptochloris (Coccomyxa, Elliptochloris, Paradoxia)

klad Watanebea (Dictyochloropsis, Wataneba)

	klad Geminella (Geminella, Gloeotilopsis)

	klad Oocystis (Oocystis, Planctonema)

Ulvophyceae

klad Ignatius (Ignatius, Pseudocharacium)

[22]

plastid chlorarachniofyt rodu Bigelowiella

Oltmannsiellopsidales

Scotinosphaerales

	Ulotrichales

	Ulvales + Bolbocoleon + Phaeophila

klad "BCDT"

Cladophorales + Blastophysa

	Bryopsidales

	Dayscladales

Trentepohliales

Chlorophyceae

	Sphaeropleales

	Chlamydomonadales

	Chaetopeltidales

	Chaetophorales

	Oedogoniales

Streptophyta

	Mesostigmatales

	Chlorokybales

Klebsormidiophyceae

Phragmoplastophyta

Charophyceae

[30]

	Coleochaetophyceae

Zygnematophyceae	►

Embryophyta	►

Strom „vyšších rostlin“

Současné (k r. 2020) představy o fylogenetickém stromu recentních vyšších rostlin lze zobrazit následovně:[32][33][34][35][36][37][38][39][40][41][42]

Embryophyta

mechorosty

Anthocerotophyta – hlevíky

Setaphyta

Bryophyta – mechy	►

	Marchantiophyta – játrovky

Tracheophyta

Lycopodiophyta – plavuně

Euphyllophyta

Monilophyta

	Equisetopsida – přesličky

Polypodiopsida – kapradiny	►

Spermatophyta

nahosemenné

Cycadales – cykasotvaré

	Cycadaceae – cykasovité

	Zamiaceae – kejákovité[pozn. 4]

Ginkgoales – jinanotvaré

Coniferophyta – jehličnany[pozn. 5]

Gnetales – liánovcotvaré

Ephedraceae – chvojníkovité

	Gnetaceae – liánovcovité

	Welwitschiaceae – welwitschiovité

Pinales – borovicotvaré

Pinaceae - borovicovité

Cupressales – cypřišotvaré[pozn. 6]

	Araucariaceae – blahočetovité

	Podocarpaceae – nohoplodovité

Sciadopityaceae – pajehličníkovité

	Cupressaceae – cypřišovité[pozn. 7]

	Taxaceae – tisovité[pozn. 8]

krytosemenné

►

Poznámky

Plantae se mohou svým vymezením lišit; ve starších vymezeních obsahovala tato říše i fotosyntetizující chromisty a ještě dříve i houby a sinice, novější vymezení do nich zpravidla (na rozdíl od fylogeneticky přirozeně vymezených Archaeplastida) neřadí predátorská nefotosyntetizující Rhodelphidia.
V současnosti se název Biliphyta někdy nevhodně používá jako synonymum pro nepočetnou skupinu chromistních mořských heterotrofních eukaryot Picozoa (dříve považovaných za autotrofní řasy a nazývaných Picobiliphyta či pouze Biliphyta).[2]
V některých systémech, např. v systému dle Adla a kol. z r. 2012, je tato infraříše nazývána Charophyta a termín Streptophyta je použit pro hypoteticky přirozenou skupinu tvořenou parožnatkami (Charales) a vyššími rostlinami (Embryophyta).[11]
v širším smyslu včetně někdejší čeledi Stangeriaceae - stangeriovité
v širším smyslu včetně liánovcotvarých
v širším smyslu včetně části někdejšího řádu Araucariales
v širším smyslu včetně někdejší čeledi tisovcovitých (Taxodiaceae)
v širším smyslu včetně někdejší čeledi hlavotisovitých (Cephalotaxaceae)

Reference

BioLib – Archaeplastida
NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253–255. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky)
SAUNDERS, Gary W.; HOMMERSAND, Max H. Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. S. 1494–1507. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004 [cit. 2013-04-03]. Svazek 91, čís. 10, s. 1494–1507. Dostupné v archivu pořízeném dne 2009-12-05. PDF . ISSN 1537-2197. (anglicky)
LE GALL, Line; SAUNDERS, Gary W. A nuclear phylogeny of the Florideophyceae (Rhodophyta) inferred from combined EF2, small subunit and large subunit ribosomal DNA: Establishing the new red algal subclass Corallinophycidae. Molecular Phylogenetics and Evolution. 26. listopad 2006, svazek 43, čís. 3, s. 1118–1130. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2006.11.012. PMID 17197199. (anglicky)
Hwan Su Yoon, K. M. Müller, R. G. Sheath, F. D. Ott, D. Bhattacharya. Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). Journal of Phycology. 3. duben 2006, svazek 42, čís. 2, s. 482–492. Dostupné online [abstrakt, cit. 2010-01-21]. ISSN 0022-3646. DOI 10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x. (anglicky)
AlgaeBase: Plantae
ŠKALOUD, Pavel; KALINA, Tomáš; NEJMOVÁ, Katarína, De CLERK, Olivier; LELIAERT, Frederik. Morphology and phylogenetic position of the freshwater green microalgae Chlorochytrium (Chlorophyceae) and Scotinosphaera (Scotinosphaerales, ord. nov., Ulvophyceae). S. 115–129. Journal of Phycology [online]. 10. leden 2013. Svazek 49, čís. 1, s. 115–129. Dostupné online. PDF . ISSN 1529-8817. DOI 10.1111/jpy.12021. (anglicky)
LOPES DOS SANTOS, Adriana; POLLINA, Thibaut; GOURVIL, Priscillia; CORRE, Erwan; MARIE, Dominique; GARRIDO, José Luis; RODRÍGUEZ, Francisco. Chloropicophyceae, a new class of picophytoplanktonic prasinophytes. Scientific Reports [online]. Springer Nature Limited, 2017-10-25, rev. 2020-04-17 [cit. 2021-03-10]. Svazek 7: 14019. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/s41598-017-12412-5. PMID 29070840. (anglicky)
LELIAERT, Frederik; TRONHOLM, Ana; LEMIEUX, Claude; TURMEL, Monique; DEPRIEST, Michael S.; BHATTACHARYA, Debashish; KAROL, Kenneth G., FREDERICQ, Suzanne; ZECHMAN, Frederick W.; LOPEZ-BAUTISTA, Juan M. Chloroplast phylogenomic analyses reveal the deepest-branching lineage of the Chlorophyta, Palmophyllophyceae class. nov.. S. 1–13. Scientific Reports [online]. 9. květen 2016. Svazek 6: 25367, s. 1–13. Dostupné online. PDF . Dále dostupné na: . ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/srep25367. PMID 27157793. (anglicky)
CAISOVÁ, Lenka; REYES, Carolina Pérez; ÁLAMO, Virginia Cruz; QUINTANA, Antera Martel; SUREK, Barbara; MELKONIAN, Michael. Barrancaceae: A new green algal lineage with structural and behavioral adaptations to a fluctuating environment. S. 1482–1492. American Journal of Botany [online]. 7. září 2015 [cit. 2016-11-22]. Svazek 102, čís. 9, s. 1482–1492. Dostupné online. PDF . ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500199. PMID 26391710. (anglicky)
ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429–514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429–514. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky)
IRISARRI, Iker; DARIENKO, Tatyana; PRÖSCHOLD, Thomas; FÜRST-JANSEN, Janine M. R.; JAMY, Mahwash; DE VRIES, Jan. Unexpected cryptic species among streptophyte algae most distant to land plants. Proceedings of the Royal Society B [online]. 2021-11-24 [cit. 2021-12-15]. Roč. 288, čís. 1963: 20212168. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2021.2168. PMID 34814752. (anglicky)
CHASE, Mark W.; REVEAL, James L. A phylogenetic classiﬁcation of the land plants to accompany APG III. S. 122–127. Botanical Journal of the Linnean Society [online]. 8. říjen 2009. Svazek 161, čís. 2, s. 122–127. Dostupné online. ISSN 1095-8339. DOI 10.1111/j.1095-8339.2009.01002.x. (anglicky)
CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; ZHANG, Xian-Chun; SCHNEIDER, Harald. A linear sequence of extant families and genera of lycophytes and ferns. S. 7–54. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 7–54. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)
CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; SCHNEIDER, Harald. Corrections to Phytotaxa 19: Linear sequence of lycophytes and ferns. S. 50–52. Phytotaxa [online]. 14. září 2011. Čís. 28, s. 50–52. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)
CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; REVEAL, James L.; FARJON, Aljos, GARDNER, Martin F.; MILL, Robert R.; CHASE, Mark W. A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. S. 55–70. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 55–70. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)
MAARTEN J. M. CHRISTENHUSZ; MARK W. CHASE. Trends and concepts in fern classification. S. 571–594. Annals of Botany [online]. 13. únor 2014. Svazek 113, čís. 4, s. 571–594. Dostupné online. ISSN 1095-8290. DOI 10.1093/aob/mct299. (anglicky)
RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. htm . PDF . DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. PMID 16051178. (anglicky)
VERBRUGGEN, Heroen; MAGGS, Christine A.; SAUNDERS, Gary W., Line Le Gall, Hwan Su Yoon, Olivier De Clerck. Data mining approach identifies research priorities and data requirements for resolving the red algal tree of life. S. 1–40. BMC Evolutionary Biology [online]. 20. leden 2010. Svazek 10, čís. 16, s. 1–40. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-10-16. (anglicky)
HOEF-EMDEN, Kerstin; MARIN, Birger; MELKONIAN, Michael. Nuclear and Nucleomorph SSU rDNA Phylogeny in the Cryptophyta and the Evolution of Cryptophyte Diversity. S. 161–179. Journal of Molecular Evolution [online]. Srpen 2002. Svazek 55, čís. 2, s. 161–179. Dostupné online. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2313-5. (anglicky)
BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky)
LELIAERT, Frederik; SMITH, David R.; MOREAU, Hervé, HERRON, Matthew D.; VERBRUGGEN, Heroen; DELWICHE, Charles F.; De CLERCK, Olivier. Phylogeny and molecular evolution of the green algae. S. 1–46. Critical Reviews in Plant Sciences [online]. 14. únor 2012. Svazek 31, s. 1–46. Dostupné online. PDF . ISSN 1549-7836. DOI 10.1080/07352689.2011.615705. (anglicky)
LAURIN-LEMAY, Simon; BRINKMANN, Henner; PHILIPPE, Hervé. Origin of land plants revisited in the light of sequence contamination and missing data. S. R593-R594. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. R593-R594. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.06.013. PMID 22877776. (anglicky)
TIMME, Ruth E.; BACHVAROFF, Tsvetan R.; DELWICHE, Charles F. Broad Phylogenomic Sampling and the Sister Lineage of Land Plants. S. 1–8. PLoS ONE [online]. 13. leden 2012. Svazek 7, čís. 1: e29696, s. 1–8. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0029696. PMID 22253761. (anglicky)
FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 2217–2222. Current Biology [online]. 9. prosinec 2010. Svazek 20, čís. 24, s. 2217–2222. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2010.11.035. PMID 21145743. (anglicky)
FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Erratum: Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 1456–1457. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. 1456–1457. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.07.021. PMID 23050273. (anglicky)
MARIN, Birger. Nested in the Chlorellales or Independent Class? Phylogeny and Classification of the Pedinophyceae (Viridiplantae) Revealed by Molecular Phylogenetic Analyses of Complete Nuclear and Plastid-encoded rRNA Operons. S. 778–805. Protist [online]. 20. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 5, s. 778–805. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.11.004. PMID 22192529. (anglicky)
TURMEL, Monique; OTIS, Christian; LEMIEUX, Claude. Tracing the Evolution of Streptophyte Algae and their Mitochondrial Genome. S. 1–43. Genome Biology and Evolution [online]. 10. září 2013. S. 1–43. Online před tiskem. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt135. PMID 24022472. (anglicky)
ZHONG, Bojian; Liang Liu; Zhen Yan, PENNY, David. Origin of land plants using the multispecies coalescent model. S. 492–495. Trends in Plant Science [online]. 24. květen 2013. Svazek 18, čís. 9, s. 492–495. Dostupné online. ISSN 1360-1385. DOI 10.1016/j.tplants.2013.04.009. PMID 23707196. (anglicky)
ZHONG, Bojian; Zhenxiang Xi; GOREMYKIN, Vadim V., FONG, Richard; McLENACHAN, Patricia A.; NOVIS, Philip M.; DAVIS, Charles C.; PENNY, David. Streptophyte Algae and the Origin of Land Plants Revisited Using Heterogeneous Models with Three New Algal Chloroplast Genomes. S. 177–183. Molecular Biology and Evolution [online]. 17. říjen 2013. Svazek 31, čís. 1, s. 177–183. Dostupné online. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/mst200. PMID 24136916. (anglicky)
LEMIEUX, Claude; OTIS, Christian; TURMEL, Monique. Chloroplast phylogenomic analysis resolves deep-level relationships within the green algal class Trebouxiophyceae. S. 1–15. BMC Evolutionary Biology [online]. 1. říjen 2014. Svazek 14:211, s. 1–15. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/s12862-014-0211-2. (anglicky)
PALMER, Jeffrey D.; SOLTIS, Douglas E.; CHASE, Mark W. The plant tree of life: an overview and some points of view. S. 1437–1445. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004. Svazek 91, čís. 10, s. 1437–1445. Dostupné online. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.91.10.1437. PMID 21652302. (anglicky)
WU, Chung-Shien; CHAW, Shu-Miaw; HUANG, Ya-Yi. Chloroplast Phylogenomics Indicates that Ginkgo biloba Is Sister to Cycads. S. 243–254. Genome Biology and Evolution [online]. 12. leden 2013. Svazek 5, čís. 1, s. 243–254. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt001. (anglicky)
HROUDA, Lubomír: Změny ve fylogenetické klasifikaci cévnatých rostlin. Dostupné online. BOTANY.cz, 21. srpen 2008
Systematika vyšších rostlin. Stránka Katedry botaniky, Přírodovědecká fakulta Jihočeské Univerzity.
ROTHFELS, Carl J.; LI, Fay-Wei; SIGE, Erin M.; HUIET, Layne; LARSSON, Anders; BURGE, Dylan O.; RUHSAM, Markus, DEYHOLOS, Michael; SOLTIS, Douglas E.; STEWART, C. Neal, Jr.; SHAW, Shane W.; POKORNY, Lisa; CHEN, Tao; DePAMPHILIS, Claude; DeGIRONIMO, Lisa; CHEN, Li; WEI, Xiaofeng; SUN, Xiao; KORA, Petra; STEVENSON, Dennis W.; GRAHAM, Sean W.; WONG, Gane K-S.; PRYER, Kathleen M. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes. S. 1089–1107. American Journal of Botany [online]. 16. červenec 2015 [cit. 2016-10-20]. Svazek 102, čís. 7, s. 1089–1107. Dostupné v archivu pořízeném dne 2016-06-05. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500089. (anglicky)
TESTO, Weston; SUNDUE, Michael. A 4000-species dataset provides new insight into the evolution of ferns. S. 200–211. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 9. září 2016. Svazek 105, s. 200–211. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.09.003. (anglicky)
LEEBENS-MACK, James H.; BARKER, Michael S.; CARPENTER, Eric J., et al. (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative). One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. S. 679–685. Nature [online]. Springer Nature Limited, 23. říjen 2019. Svazek 574, čís. 7780, s. 679–685. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-019-1693-2. PMID 31645766. (anglicky)
Setaphyta：A New Family Tree Given to Plants----Chinese Academy of Sciences. english.cas.cn [online]. [cit. 2020-09-03]. Dostupné online.
SCHNEIDER, Harald, et al. (The Pteridophyte Phylogeny Group). A community-derived classification for extant lycophytes and ferns. S. 563–603. Journal of Systematics and Evolution [online]. Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences & John Wiley & Sons, Inc., 7. listopad 2016 [cit. 2020-10-20]. Svazek 54, čís. 6, s. 563–603. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1759-6831. DOI 10.1111/jse.12229. (anglicky)
COLE, Theodor C. H.; BACHELIER, Julien B.; HILGER, Hartmut H. Tracheophyte phylogeny poster - Vascular plants: systematics and characteristics. PeerJ Preprints [online]. 2019-02-21. Svazek 7: e2614v3. Dostupné online. Dostupné také na: . DOI 10.7287/peerj.preprints.2614v3. (anglicky)
COLE, Theodor C. H.; HILGER, Hartmut H.; GOFFINET, Bernard. Bryophyte Phylogeny Poster (BPP). PeerJ Preprints [online]. 2019-05-24. Svazek 7: e27571v3. Dostupné online. Dostupné také na: . DOI 10.7287/peerj.preprints.27571v3. (anglicky)

Související články

Klasifikace eukaryot

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[2] Plantae se mohou svým vymezením lišit; ve starších vymezeních obsahovala tato říše i fotosyntetizující chromisty a ještě dříve i houby a sinice, novější vymezení do nich zpravidla (na rozdíl od fylogeneticky přirozeně vymezených Archaeplastida) neřadí predátorská nefotosyntetizující Rhodelphidia.

[4] V současnosti se název Biliphyta někdy nevhodně používá jako synonymum pro nepočetnou skupinu chromistních mořských heterotrofních eukaryot Picozoa (dříve považovaných za autotrofní řasy a nazývaných Picobiliphyta či pouze Biliphyta).[2]

[14] V některých systémech, např. v systému dle Adla a kol. z r. 2012, je tato infraříše nazývána Charophyta a termín Streptophyta je použit pro hypoteticky přirozenou skupinu tvořenou parožnatkami (Charales) a vyššími rostlinami (Embryophyta).[11]

[46] v širším smyslu včetně někdejší čeledi Stangeriaceae - stangeriovité

[47] v širším smyslu včetně liánovcotvarých

[48] v širším smyslu včetně části někdejšího řádu Araucariales

[49] v širším smyslu včetně někdejší čeledi tisovcovitých (Taxodiaceae)

[50] v širším smyslu včetně někdejší čeledi hlavotisovitých (Cephalotaxaceae)

[1] BioLib – Archaeplastida

[Not_2007-3] NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253–255. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky)

[Saunders_2004-5] SAUNDERS, Gary W.; HOMMERSAND, Max H. Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. S. 1494–1507. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004 [cit. 2013-04-03]. Svazek 91, čís. 10, s. 1494–1507. Dostupné v archivu pořízeném dne 2009-12-05. PDF . ISSN 1537-2197. (anglicky)

[LeGall_2006-6] LE GALL, Line; SAUNDERS, Gary W. A nuclear phylogeny of the Florideophyceae (Rhodophyta) inferred from combined EF2, small subunit and large subunit ribosomal DNA: Establishing the new red algal subclass Corallinophycidae. Molecular Phylogenetics and Evolution. 26. listopad 2006, svazek 43, čís. 3, s. 1118–1130. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2006.11.012. PMID 17197199. (anglicky)

[Yoon_2006-7] Hwan Su Yoon, K. M. Müller, R. G. Sheath, F. D. Ott, D. Bhattacharya. Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). Journal of Phycology. 3. duben 2006, svazek 42, čís. 2, s. 482–492. Dostupné online [abstrakt, cit. 2010-01-21]. ISSN 0022-3646. DOI 10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x. (anglicky)

[8] AlgaeBase: Plantae

[Škaloud_2013-9] ŠKALOUD, Pavel; KALINA, Tomáš; NEJMOVÁ, Katarína, De CLERK, Olivier; LELIAERT, Frederik. Morphology and phylogenetic position of the freshwater green microalgae Chlorochytrium (Chlorophyceae) and Scotinosphaera (Scotinosphaerales, ord. nov., Ulvophyceae). S. 115–129. Journal of Phycology [online]. 10. leden 2013. Svazek 49, čís. 1, s. 115–129. Dostupné online. PDF . ISSN 1529-8817. DOI 10.1111/jpy.12021. (anglicky)

[Lopes_dos_Santos_2017-10] LOPES DOS SANTOS, Adriana; POLLINA, Thibaut; GOURVIL, Priscillia; CORRE, Erwan; MARIE, Dominique; GARRIDO, José Luis; RODRÍGUEZ, Francisco. Chloropicophyceae, a new class of picophytoplanktonic prasinophytes. Scientific Reports [online]. Springer Nature Limited, 2017-10-25, rev. 2020-04-17 [cit. 2021-03-10]. Svazek 7: 14019. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/s41598-017-12412-5. PMID 29070840. (anglicky)

[Leliaert_2016-11] LELIAERT, Frederik; TRONHOLM, Ana; LEMIEUX, Claude; TURMEL, Monique; DEPRIEST, Michael S.; BHATTACHARYA, Debashish; KAROL, Kenneth G., FREDERICQ, Suzanne; ZECHMAN, Frederick W.; LOPEZ-BAUTISTA, Juan M. Chloroplast phylogenomic analyses reveal the deepest-branching lineage of the Chlorophyta, Palmophyllophyceae class. nov.. S. 1–13. Scientific Reports [online]. 9. květen 2016. Svazek 6: 25367, s. 1–13. Dostupné online. PDF . Dále dostupné na: . ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/srep25367. PMID 27157793. (anglicky)

[Caisová_2015-12] CAISOVÁ, Lenka; REYES, Carolina Pérez; ÁLAMO, Virginia Cruz; QUINTANA, Antera Martel; SUREK, Barbara; MELKONIAN, Michael. Barrancaceae: A new green algal lineage with structural and behavioral adaptations to a fluctuating environment. S. 1482–1492. American Journal of Botany [online]. 7. září 2015 [cit. 2016-11-22]. Svazek 102, čís. 9, s. 1482–1492. Dostupné online. PDF . ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500199. PMID 26391710. (anglicky)

[Adl_2012-13] ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429–514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429–514. Dostupné online. PDF . ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky)

[Irisarri_2021-15] IRISARRI, Iker; DARIENKO, Tatyana; PRÖSCHOLD, Thomas; FÜRST-JANSEN, Janine M. R.; JAMY, Mahwash; DE VRIES, Jan. Unexpected cryptic species among streptophyte algae most distant to land plants. Proceedings of the Royal Society B [online]. 2021-11-24 [cit. 2021-12-15]. Roč. 288, čís. 1963: 20212168. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2021.2168. PMID 34814752. (anglicky)

[Chase_2009-16] CHASE, Mark W.; REVEAL, James L. A phylogenetic classiﬁcation of the land plants to accompany APG III. S. 122–127. Botanical Journal of the Linnean Society [online]. 8. říjen 2009. Svazek 161, čís. 2, s. 122–127. Dostupné online. ISSN 1095-8339. DOI 10.1111/j.1095-8339.2009.01002.x. (anglicky)

[Christenhusz_2011a-17] CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; ZHANG, Xian-Chun; SCHNEIDER, Harald. A linear sequence of extant families and genera of lycophytes and ferns. S. 7–54. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 7–54. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)

[Christenhusz_2011c-18] CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; SCHNEIDER, Harald. Corrections to Phytotaxa 19: Linear sequence of lycophytes and ferns. S. 50–52. Phytotaxa [online]. 14. září 2011. Čís. 28, s. 50–52. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)

[Christenhusz_2011b-19] CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; REVEAL, James L.; FARJON, Aljos, GARDNER, Martin F.; MILL, Robert R.; CHASE, Mark W. A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. S. 55–70. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 55–70. Dostupné online. PDF . ISSN 1179-3163. (anglicky)

[Christenhusz_2014-20] MAARTEN J. M. CHRISTENHUSZ; MARK W. CHASE. Trends and concepts in fern classification. S. 571–594. Annals of Botany [online]. 13. únor 2014. Svazek 113, čís. 4, s. 571–594. Dostupné online. ISSN 1095-8290. DOI 10.1093/aob/mct299. (anglicky)

[21] RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. htm . PDF . DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. PMID 16051178. (anglicky)

[Verbruggen_2010-22] VERBRUGGEN, Heroen; MAGGS, Christine A.; SAUNDERS, Gary W., Line Le Gall, Hwan Su Yoon, Olivier De Clerck. Data mining approach identifies research priorities and data requirements for resolving the red algal tree of life. S. 1–40. BMC Evolutionary Biology [online]. 20. leden 2010. Svazek 10, čís. 16, s. 1–40. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-10-16. (anglicky)

[23] HOEF-EMDEN, Kerstin; MARIN, Birger; MELKONIAN, Michael. Nuclear and Nucleomorph SSU rDNA Phylogeny in the Cryptophyta and the Evolution of Cryptophyte Diversity. S. 161–179. Journal of Molecular Evolution [online]. Srpen 2002. Svazek 55, čís. 2, s. 161–179. Dostupné online. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2313-5. (anglicky)

[Burki_2016-24] BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky)

[Leliaert_2012-25] LELIAERT, Frederik; SMITH, David R.; MOREAU, Hervé, HERRON, Matthew D.; VERBRUGGEN, Heroen; DELWICHE, Charles F.; De CLERCK, Olivier. Phylogeny and molecular evolution of the green algae. S. 1–46. Critical Reviews in Plant Sciences [online]. 14. únor 2012. Svazek 31, s. 1–46. Dostupné online. PDF . ISSN 1549-7836. DOI 10.1080/07352689.2011.615705. (anglicky)

[Laurin-Lemay_2012-26] LAURIN-LEMAY, Simon; BRINKMANN, Henner; PHILIPPE, Hervé. Origin of land plants revisited in the light of sequence contamination and missing data. S. R593-R594. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. R593-R594. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.06.013. PMID 22877776. (anglicky)

[Timme_2012-27] TIMME, Ruth E.; BACHVAROFF, Tsvetan R.; DELWICHE, Charles F. Broad Phylogenomic Sampling and the Sister Lineage of Land Plants. S. 1–8. PLoS ONE [online]. 13. leden 2012. Svazek 7, čís. 1: e29696, s. 1–8. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0029696. PMID 22253761. (anglicky)

[Finet_2010-28] FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 2217–2222. Current Biology [online]. 9. prosinec 2010. Svazek 20, čís. 24, s. 2217–2222. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2010.11.035. PMID 21145743. (anglicky)

[Finet_2012-29] FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Erratum: Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 1456–1457. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. 1456–1457. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.07.021. PMID 23050273. (anglicky)

[Marin_2012-30] MARIN, Birger. Nested in the Chlorellales or Independent Class? Phylogeny and Classification of the Pedinophyceae (Viridiplantae) Revealed by Molecular Phylogenetic Analyses of Complete Nuclear and Plastid-encoded rRNA Operons. S. 778–805. Protist [online]. 20. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 5, s. 778–805. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.11.004. PMID 22192529. (anglicky)

[Turmel_2013-31] TURMEL, Monique; OTIS, Christian; LEMIEUX, Claude. Tracing the Evolution of Streptophyte Algae and their Mitochondrial Genome. S. 1–43. Genome Biology and Evolution [online]. 10. září 2013. S. 1–43. Online před tiskem. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt135. PMID 24022472. (anglicky)

[Zhong_2013-32] ZHONG, Bojian; Liang Liu; Zhen Yan, PENNY, David. Origin of land plants using the multispecies coalescent model. S. 492–495. Trends in Plant Science [online]. 24. květen 2013. Svazek 18, čís. 9, s. 492–495. Dostupné online. ISSN 1360-1385. DOI 10.1016/j.tplants.2013.04.009. PMID 23707196. (anglicky)

[Zhong_2014-33] ZHONG, Bojian; Zhenxiang Xi; GOREMYKIN, Vadim V., FONG, Richard; McLENACHAN, Patricia A.; NOVIS, Philip M.; DAVIS, Charles C.; PENNY, David. Streptophyte Algae and the Origin of Land Plants Revisited Using Heterogeneous Models with Three New Algal Chloroplast Genomes. S. 177–183. Molecular Biology and Evolution [online]. 17. říjen 2013. Svazek 31, čís. 1, s. 177–183. Dostupné online. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/mst200. PMID 24136916. (anglicky)

[Lemieux_2014-34] LEMIEUX, Claude; OTIS, Christian; TURMEL, Monique. Chloroplast phylogenomic analysis resolves deep-level relationships within the green algal class Trebouxiophyceae. S. 1–15. BMC Evolutionary Biology [online]. 1. říjen 2014. Svazek 14:211, s. 1–15. Dostupné online. PDF . ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/s12862-014-0211-2. (anglicky)

[Palmer_2004-35] PALMER, Jeffrey D.; SOLTIS, Douglas E.; CHASE, Mark W. The plant tree of life: an overview and some points of view. S. 1437–1445. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004. Svazek 91, čís. 10, s. 1437–1445. Dostupné online. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.91.10.1437. PMID 21652302. (anglicky)

[Wu_2013-36] WU, Chung-Shien; CHAW, Shu-Miaw; HUANG, Ya-Yi. Chloroplast Phylogenomics Indicates that Ginkgo biloba Is Sister to Cycads. S. 243–254. Genome Biology and Evolution [online]. 12. leden 2013. Svazek 5, čís. 1, s. 243–254. Dostupné online. PDF . ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt001. (anglicky)

[Hrouda_2008-37] HROUDA, Lubomír: Změny ve fylogenetické klasifikaci cévnatých rostlin. Dostupné online. BOTANY.cz, 21. srpen 2008

[38] Systematika vyšších rostlin. Stránka Katedry botaniky, Přírodovědecká fakulta Jihočeské Univerzity.

[Rothfels_2015-39] ROTHFELS, Carl J.; LI, Fay-Wei; SIGE, Erin M.; HUIET, Layne; LARSSON, Anders; BURGE, Dylan O.; RUHSAM, Markus, DEYHOLOS, Michael; SOLTIS, Douglas E.; STEWART, C. Neal, Jr.; SHAW, Shane W.; POKORNY, Lisa; CHEN, Tao; DePAMPHILIS, Claude; DeGIRONIMO, Lisa; CHEN, Li; WEI, Xiaofeng; SUN, Xiao; KORA, Petra; STEVENSON, Dennis W.; GRAHAM, Sean W.; WONG, Gane K-S.; PRYER, Kathleen M. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes. S. 1089–1107. American Journal of Botany [online]. 16. červenec 2015 [cit. 2016-10-20]. Svazek 102, čís. 7, s. 1089–1107. Dostupné v archivu pořízeném dne 2016-06-05. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500089. (anglicky)

[Testo_2016-40] TESTO, Weston; SUNDUE, Michael. A 4000-species dataset provides new insight into the evolution of ferns. S. 200–211. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 9. září 2016. Svazek 105, s. 200–211. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.09.003. (anglicky)

[41] LEEBENS-MACK, James H.; BARKER, Michael S.; CARPENTER, Eric J., et al. (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative). One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. S. 679–685. Nature [online]. Springer Nature Limited, 23. říjen 2019. Svazek 574, čís. 7780, s. 679–685. Dostupné online. Dostupné také na: . Dále dostupné na: . ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-019-1693-2. PMID 31645766. (anglicky)

[42] Setaphyta：A New Family Tree Given to Plants----Chinese Academy of Sciences. english.cas.cn [online]. [cit. 2020-09-03]. Dostupné online.

[PPG_I_2016-43] SCHNEIDER, Harald, et al. (The Pteridophyte Phylogeny Group). A community-derived classification for extant lycophytes and ferns. S. 563–603. Journal of Systematics and Evolution [online]. Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences & John Wiley & Sons, Inc., 7. listopad 2016 [cit. 2020-10-20]. Svazek 54, čís. 6, s. 563–603. Dostupné online. Dostupné také na: . ISSN 1759-6831. DOI 10.1111/jse.12229. (anglicky)

[Cole_2019a-44] COLE, Theodor C. H.; BACHELIER, Julien B.; HILGER, Hartmut H. Tracheophyte phylogeny poster - Vascular plants: systematics and characteristics. PeerJ Preprints [online]. 2019-02-21. Svazek 7: e2614v3. Dostupné online. Dostupné také na: . DOI 10.7287/peerj.preprints.2614v3. (anglicky)

[Cole_2019b-45] COLE, Theodor C. H.; HILGER, Hartmut H.; GOFFINET, Bernard. Bryophyte Phylogeny Poster (BPP). PeerJ Preprints [online]. 2019-05-24. Svazek 7: e27571v3. Dostupné online. Dostupné také na: . DOI 10.7287/peerj.preprints.27571v3. (anglicky)