Povstání Jiřího I. Rákócziho

Rákoci se 17. února prohlásil za ochránce nekatolíků a zanedlouho se zmocnil Košic, když mu magistrát otevřel dveře. Stejně to udělala i ostatní východoslovenská města a Rákoci se na čele patnáctitisícové armády vydal směrem k Vídni. Postupoval přes Spiš, Liptov a Pováží až k Hlohovci, kde utrpěl porážku od císařské armády pod vedením palatina Mikuláše Esterháziho a generálů Götze a Buchheima. Císařské oddíly tlačily povstalecké vojáky zpět na východ a další velkou porážku jim uštědřily v bitvě u Dregeľ-Palanky, kde velitelé tureckých oddílů dokonce obvinili Rákociho ze zrady. Potom ho opustili a odtáhli na jih. V květnu stáli císařští vojáci před branami Košic a palatin výzvami donutil šlechtu Šarišské stolice, aby opustila povstalecký tábor. Rákoci se uchýlil do Blatného Potoka a projevil zájem vyjednávat o míru. V létě 1644 se začal šířit mor, císařské vojsko trpělo i nedostatkem potravin a navíc se mu nepodařilo dobýt Košice, Prešov ani Levoču. Rákoci s novými posilami vyrazil proti císařské armádě a spolu s velitelem Gabrielem Bakošem dobyl Oravu a Liptov. Druhá povstalecká fronta zatlačila vojáky až k městu Prievidza. V srpnu svolal palatin Esterházi do Trnavy sněm, na kterém se rozhodovalo, zda se má pokračovat v bojích, navzdory převaze v počtu povstaleckých vojáků. Sněm rozhodl o pokračování a odsouhlasil prostředky na naverbování a zásobování tisíce nových uherských a polských vojáků. V téže době se konal sněm Rákociho a jeho přívrženců v Košicích a jeho účastníci se vyslovili za uzavření míru.

Na konci srpna vstoupila posílená armáda znovu do bojů a povstalce zahnala až do Tokaje, tento úspěch však netrval dlouho, a jakmile Rákoci znovu zaútočil museli císařští vojáci ustupovat. Byl to stejně následek neshod ve velení mezi německou a uhersko-polskou částí armády. Když se Generál Götz na zimu ubytoval v středoslovenských hornických městech označil uherská a polská vojska za nespolehlivá a propustil je ze svých služeb. Ke konci roku se začalo v Trnavě vyjednávat o míru. Uherští protestanti prosazovali při jednáních dosažení stavovských a náboženských svobod, navrácení odebraných kostelů, vyhnání jezuitů ze země a úpravu církevního desátku, Rákoci chtěl územní zisky a válečné reparace. Stejně jako Bethlen před 20 lety od císaře žádal sedm východouherských stolic a slezská knížectví Opolí a Ratiboř. Katoličtí magnáti a ani palatin nechtěli splnit požadavky protestantů a vznikla krize. Rákoci využil situaci, která nastala a posunul svoje vojska až na střední Slovensko. Pak obdržel finanční podporu od Francie začal stupňovat i své požadavky. Teď už žádal do dědičné držby celé tzv. horní (severovýchodní) Královské Uhersko se všemi městy a pevnostmi. Proti takovému rozšíření moci vystoupili Turci, s nimiž dvůr již nějaký čas jednal a snažil se oddělit Osmanskou říši od plánů sedmihradského knížete. Přestože povstalci pokračovali v tažení ze středního Slovenska směrem na západ, úspěchy císařské diplomacie a také nepokoje v Sedmihradsku přinutily Rákociho k ústupkům. Pro přetrvávající neshody v císařském vojsku se Vídeň rozhodla znovu jednat. V únoru 1645 uzavřely obě strany kompromisní dohodu, podle níž měl Rákoci dostat do doživotního užívání sedm východouherských stolic, a uherským protestantům se zaručovala náboženská svoboda, která se měla vztahovat i na poddané. Otázka navrácení kostelů a jiné sporné otázky měly dořešit na nejbližším zemském sněmu a měla se tam ratifikovat mírová dohoda. Po uzavření kompromisní dohody odešla z území Slovenska německá vojska, protože uherské stavy se panovníkovi zavázaly pomocí v případě útoku Rákociho.

O několik měsíců vpadli na Moravu Švédové pod velením Torstensona a Rákoci se naposledy pokusil obrátit situaci ve svůj prospěch. Vrcholu dosáhl v červnu 1645, kdy se se svým vojskem podporovaným uherskou protestantskou šlechtou a exulanty utábořil na hranicích Královského Uherska s Moravou mezi Hodonínem a Břeclaví a snažil se o spojení se švédskou armádou. Vídeň však shromažďovala armádu u Bratislavy a Devína a Turci na zákrok císařské diplomacie pohrozili Rákocimu, že pokud dojde ke spojení armád, ztratí sedmihradské knížectví. Rákoci složil zbraně a 22. srpna 1645 uzavřel s vídeňskou delegací separátní dohodu ve vojenském táboře u Břeclavi. O dva dny později ji v Linci podepsal císař Ferdinand III. Švédové tím ztratili spojence a byli donuceni z Moravy odejít. Na sněmu v roce 1647 byl mír ratifikován a slavnostně vyhlášen. Ferdinandovi III. do té doby postupně vzdala hold všechna města.

Linecký mír zajistil Rákocimu ponechání sedmi východouherských stolic do doživotní držby, z nichž dvě (Satumarská a Sabolčská) měly zůstat i jeho nástupci. Namísto dvou slezských knížectví získal hrad Tokaj. Uherským protestantům zaručovala Linecká mírová smlouva úplnou náboženskou svobodu, vztahující se i na poddané a byl v ní zakotven i požadavek vrácení kostelů, které jim odebrali katoličtí zeměpáni. Uherská katolická hierarchie však nebyla s dohodou spokojena a spolu s novým palatinem proti ní vystoupila. Sám Ferdinand III. ji musel nejdříve vyzývat aby ji uznala. Ale nespokojenost s dohodou byla i na druhé straně. Z dohodnutých 400 kostelů se protestantům vrátilo zpět sotva 90 a spory přetrvávaly dál.