Katedrála svatého Mikuláše

Vedle kostela se nacházel městský hřbitov, který sloužil od středověku (od založení města) až po rok 1784, kdy byl dekretem Josefa II. zrušen. V letech 2001 až 2005 na jeho místě probíhal intenzívní archeologický výzkum vedený Jihočeským muzeem, který pokračoval v interiéru kostela v letech 2010 až 2012. Odkryl kapli, hrobky a hroby. V ohradní zdi hřbitova bývala barokní zastavení křížové cesty, která byla po zrušení hřbitova nahrazena kaplemi křížové cesty na jižní zdi děkanství.

V průčelí jsou v nikách tři raně barokní pískovcové sochy patronů, svatého Mikuláše z Myry mezi sv. Václavem a sv. Auraciánem, dílo sochaře T. Zeisla.

• Hlavní oltář svatého Mikuláše z Myry, dřevěná architektura pochází z roku 1785, oltářní obraz s legendárním výjevem „Sv. Mikuláš křísí dvě mrtvé děti“ je olejomalba J. Bachmanna z roku 1648; v nástavci oválný obraz sv. Auraciána.
• Oltář sv. Anny s relikviářem římského prvomučedníka sv. Auraciána, spolupatrona Českých Budějovic.
• Kazatelna – barokní, bíle štafírovaná a zlacená, s figurálními řezbami z doby kolem roku 1710 (přenesena roku 1784 ze zrušeného pražského kostela Panny Marie Ustavičné pomoci a sv. Kajetána řádu theatinů).
• Křtitelnice

Velké varhany

Počátek historie katedrálních varhan není přesně známý. K nejstarším dostupným údajům patří informace, podle které varhanář Joachim Rudner vypracoval odborný posudek na již existující (patrně dosluhující) varhanní stroj.[1] Z let 1495-1497 pocházejí zmínky o kšaftovaných penězích na nové varhany. Ty postavil roku 1498[1] (podle některých zdrojů již 1495[2]) Michael Khall. Šlo o významného varhanáře,k jehož dílu patřily i varhany pro Sankt Wolfgang u Obersee (1497)[2], varhany pro budějovický klášterní kostel Obětování Panny Marie (1502)[2] nebo varhany v katedrále sv. Bartoloměje v Plzni z roku 1514.[1] Je zajímavostí, že tyto varhany byly objednány a realizovány jen dvacet let před kompletní přestavbou kostela (zahájena 1518 stržením původní klenby[3]). Roku 1515 je zmíněna také existence malých (chórových) varhan.[3]

Další vývoj byl ovlivněn velkým požárem Českých Budějovic 24. července 1641. Do interiéru pronikl oheň přes kalkovnu (prostor s varhanními měchy) a prakticky kompletně jej zničil.[3] Městský písař zaznamenal: „[…] hlavní oltář, jako i jiný nákladný všecky, dvoje znamenité varhany, regal, positiv, jiná instrumenta musická, jak graduání, tak figurální a cokolivec od ozdoby kostela, vzláště od dříví bylo, na prach a popel skázu vzalo […]“[3] Po přestavbě kostela (varhanní kruchta byla dozděna jako poslední, neboť se během stavby 18. května 1645 zřítila) vznikla potřeba nových varhan. Nejpozději v listopadu 1641 začali radní hledat varhanáře. Smlouvu uzavřeli s Jakubem Schedlichem z Jáchymova, jehož syn Ondřej roku 1645 zahájil stavbu varhan.[3] Z důvodu jeho předčasného úmrtí musel nástroj dokončit jeho švagr, Mathias Tretscher. Stalo se tak roku 1646, město jej však splácelo ještě roku 1649.[3] Nástroj s jedním manuálem, pedálem a 14 rejstříky[2] vyšel na 1380 zlatých.[3] Do této doby působilo v Českých Budějovicích více organistů (v období renesance nebylo mezi varhanáři a varhaníky rozlišováno, činnost často zahrnovala obě profese), například Thomas (~1551), Filip Organista (~1554), Joachym Rudner (~1520 až <1600) nebo vimperský varhanář Jiří Pirger. Z jejich díla se do současnosti nic nedochovalo.[2]

Na počátku 18. století byl předchozí nástroj považován za nedostačující. Městská rada proto roku 1727 uzavřela smlouvu s varhanářem Jiřím Vojtěchem Dvorským. Společně s tovaryšem Martinem Janečkem v letech 1727–1728 vystavěl velký barokní nástroj o dvou manuálech, pedálu a 24 rejstřících. Varhany byly rozdělené do dvou skříní, jedna z nich integrovala hrací stůl připojený k postamentu.[2] Specifický koncept měl zajistit, aby oknem ve štítu do hlavní lodi dopadalo co nejvíce světla. Z toho důvodu byly obě skříně ještě natočené (prospekty byly nasměrované jakoby do středu hlavní lodi). Toto řešení nebylo obvyklé, využívali ho pouze u větších nástrojů právě Dvorský s Janečkem. Jako zcela mimořádné je chápáno výtvarné zpracování – symetrické baldachýnové prospekty o jediném píšťalovém poli. Inspirace mohla pocházet z Itálie. Varhany hodnotili tehdejší znalci s ohledem na konzervativní jihočeské poměry jako impozantní, a to jak velikostí, tak rozsahem.[3] Rozsah pedálu (21 tónů) začínal krátkou velkou oktávou a dosahoval do c1 (patrně tradice přejatá od Christeindela, autora varhan v klášterním kostele Obětování Panny Marie), manuály začínaly lomenou oktávou.[2] Dále se Dvorského varhany rozvíjely pouze evolučně, roku 1834 došlo k renovaci nástroje s úpravou dispozice pozitivu, pro nějž byla zbudována nová skříň klasicistního konceptu umístěná na zábradlí kůru.[3] Níže uvedené dispozice nástroje pocházejí z roku 1912, kdy varhany opravil Emanuel Štěpán Petr.[1][3]

Po roce 1930 byly barokní varhany popisované jako „nedotčeny vymoženostmi moderní techniky“ a „předstiženy řadou moderních varhan venkovských kostelů“.[3] Tehdejší regenschori Ludvík Schmidt se inspiroval varhanami pasovského dómu a navrhl dispozice, které v roce 1934 realizovala firma Rieger v Krnově.[3] Pro rozměrnější pozdně romantické varhany s 35 rejstříky vznikly nové větší skříně (ovšem se zachováním barokních prospektů od Dvorského a Janečka). Původně diagonální otočení skříní z důvodu omezeného prostoru vzalo za své a prospekty byly natočeny klasicky – rovnoběžně se zábradlím kůru. Slavnostní posvěcení proběhlo 9. září 1934.[3] Z této doby pocházejí i níže uvedené dispozice:

Riegerovy varhany jsou s dílčími úpravami využívány do současnosti. Krom velkých varhan se objevují zmínky i o menších nástrojích (samostatné pozitivy a chórové varhany). Pozitiv je zmiňován v roce 1641 v souvislosti s výčtem škod způsobených velkým požárem. Ve 20. století byly chórové varhany umístěné na severní a jižní straně presbytáře, kde navazovaly na stally.[3]