Seznam typů RNA

Seznam typů RNA popisuje přirozeně se vyskytujicí typy RNA.

RNA hrající roli v syntéze proteinů
Typ	Zkratka	Funkce	Výskyt	Reference
mediátorová RNA	mRNA	Nese informaci pro syntézu proteinů	Všechny organismy
ribozomální RNA	rRNA	Translace	Všechny organismy
RNA v signál rozpoznávající částici	7SL RNA nebo SRP RNA	Vkládání proteinů do membrán	Všechny organismy	[1]
transferová RNA	tRNA	Adaptér pro připojení aminokyseliny	Všechny organismy
transferová-mediátorová RNA	tmRNA	Uvolňuje ribozomy neschopné ukončit translaci	Bakterie, plastidy	[2][3]

RNA s funkcí v posttranskripčních modifikacích nebo replikaci DNA
Typ	Zkratka	Funkce	Výskyt	Reference
Malá jaderná RNA	snRNA	Splicing a další funkce	Eukaryota a Archea	[4]
Malá jadérková RNA	snoRNA	Modifikace nukleotidů v řadě RNA	Eukaryota a Archea	[5]
SmY RNA	SmY	Trans-splicing mRNA	Hlístice (Nematoda)	[6]
Malá RNA specifická pro Cajalova tělíska	scaRNA	Podtyp snoRNA, modifikace nukleotidů v řadě RNA
Guide RNA	gRNA	modifikace nukleotidů v mRNA	Mitochondrie bičivek (Kinetoplastida)	[7]
Ribonukleáza P	RNáza P	maturace tRNA	Všechny organismy	[8]
Ribonukleáza MRP	RNáza MRP	maturace rRNA, replikace DNA	Eukaryota	[9]
Y RNA		kontrola kvality RNA, replikace DNA	Metazoa	[10]
RNA komponenta telomerázy	TERC	syntéza telomer	Většina eukaryot	[11]
SL1 RNA		Trans-splicing	Hlístice (Nematoda) a další nižší eukaryota

Regulační RNA
Typ	Zkratka	Funkce	Výskyt	Reference
antisense RNA	aRNA	Atenuace transkripce, degradace mRNA, stabilizace mRNA, blokování translace	Všechny organismy	[12][13]
přirozené siRNA působící v cis	cis-NATs	regulace genové exprese
CRISPR RNA		Štěpení cizorodé DNA	Bakterie a Archea	[14]
dlouhá nekódující RNA	lncRNA	Různé	Eukaryota
MikroRNA	miRNA	Regulace genové exprese	Většina eukaryot	[15]
RNA interagující s PIWI	piRNA	Obrana proti transpozonům, možná další	Většina živočichů (Metazoa)	[16][17]
malá interferující RNA	siRNA	Regulace genové exprese	Většina eukaryot	[18]
siRNA působící v trans	ta-siRNA	Regulace genové exprese	Vyšší rostliny	[15]
siRNA asociovaná s repeticemi	rasiRNA	Typ piRNA; obrana před transposony	Drosophila	[19]
7SK RNA	7SK	negativní regulace komplexu CDK9/cyklin T

Parazitická RNA
Typ	Výskyt	Reference
Retrotranspozony	Eukaryota a některé bakterie	[20]
RNA viry (dsRNA viry, ssRNA viry s pozitivní polaritou, ssRNA viry s negativní polaritou, retroviry)
Viroidy	Rostliny	[21]
Satelitní RNA

Další RNA
Typ	Zkratka	Funkce	Výskyt	Reference
Vault RNA	vRNA	Pravděpodobně odstranění xenobiotik		[22]

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku List of RNAs na anglické Wikipedii.

GRIBALDO, S.; BROCHIER-ARMANET, C. The origin and evolution of Archaea: a state of the art.. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. Jun 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1007–22. DOI 10.1098/rstb.2006.1841. PMID 16754611.
GILLET, R.; FELDEN, B. Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue.. Mol Microbiol. Nov 2001, roč. 42, čís. 4, s. 879–85. PMID 11737633.
GUENEAU DE NOVOA, P.; WILLIAMS, KP. The tmRNA website: reductive evolution of tmRNA in plastids and other endosymbionts.. Nucleic Acids Res. Jan 2004, roč. 32, čís. Database issue, s. D104-8. DOI 10.1093/nar/gkh102. PMID 14681369.
THORE, S.; MAYER, C.; SAUTER, C., et al. Crystal structures of the Pyrococcus abyssi Sm core and its complex with RNA. Common features of RNA binding in archaea and eukarya.. J Biol Chem. Jan 2003, roč. 278, čís. 2, s. 1239–47. DOI 10.1074/jbc.M207685200. PMID 12409299.
KISS, T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs.. EMBO J. Jul 2001, roč. 20, čís. 14, s. 3617–22. DOI 10.1093/emboj/20.14.3617. PMID 11447102.
JONES, TA.; OTTO, W.; MARZ, M., et al. A survey of nematode SmY RNAs.. RNA Biol. Roč. 6, čís. 1, s. 5–8. PMID 19106623.
ALFONZO, JD.; THIEMANN, O.; SIMPSON, L. The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria.. Nucleic Acids Res. Oct 1997, roč. 25, čís. 19, s. 3751–9. PMID 9380494.
PANNUCCI, JA.; HAAS, ES.; HALL, TA., et al. RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active.. Proc Natl Acad Sci U S A. Jul 1999, roč. 96, čís. 14, s. 7803–8. PMID 10393902.
WOODHAMS, MD.; STADLER, PF.; PENNY, D., et al. RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor.. BMC Evol Biol. 2007, roč. 7 Suppl 1, s. S13. DOI 10.1186/1471-2148-7-S1-S13. PMID 17288571.
PERREAULT, J.; PERREAULT, JP.; BOIRE, G. Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification.. Mol Biol Evol. Aug 2007, roč. 24, čís. 8, s. 1678–89. Dostupné online. DOI 10.1093/molbev/msm084. PMID 17470436.
LUSTIG, AJ. Crisis intervention: the role of telomerase.. Proc Natl Acad Sci U S A. Mar 1999, roč. 96, čís. 7, s. 3339–41. PMID 10097039.
BRANTL, S. Antisense-RNA regulation and RNA interference.. Biochim Biophys Acta. May 2002, roč. 1575, čís. 1–3, s. 15–25. PMID 12020814.
BRANTL, S. Regulatory mechanisms employed by cis-encoded antisense RNAs.. Curr Opin Microbiol. Apr 2007, roč. 10, čís. 2, s. 102–9. DOI 10.1016/j.mib.2007.03.012. PMID 17387036.
BROUNS, SJ.; JORE, MM.; LUNDGREN, M., et al. Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes.. Science. Aug 2008, roč. 321, čís. 5891, s. 960–4. DOI 10.1126/science.1159689. PMID 18703739.
LIN, SL.; MILLER, JD.; YING, SY. Intronic microRNA (miRNA).. J Biomed Biotechnol. 2006, roč. 2006, čís. 4, s. 26818. DOI 10.1155/JBB/2006/26818. PMID 17057362.
Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, s. 1265–72. DOI 10.1016/j.cub.2007.06.030. PMID 17604629. (anglicky)
Ghildiyal M, Zamore PD. Small silencing RNAs: an expanding universe. Nat. Rev. Genet.. February 2009, s. 94–108. DOI 10.1038/nrg2504. PMID 19148191. (anglicky)
AHMAD, K.; HENIKOFF, S. Epigenetic consequences of nucleosome dynamics.. Cell. Nov 2002, roč. 111, čís. 3, s. 281–4. PMID 12419239.
DESSET, S.; BUCHON, N.; MEIGNIN, C., et al. In Drosophila melanogaster the COM locus directs the somatic silencing of two retrotransposons through both Piwi-dependent and -independent pathways.. PLoS One. 2008, roč. 3, čís. 2, s. e1526. DOI 10.1371/journal.pone.0001526. PMID 18253480.
BOEKE, JD. The unusual phylogenetic distribution of retrotransposons: a hypothesis.. Genome Res. Sep 2003, roč. 13, čís. 9, s. 1975–83. DOI 10.1101/gr.1392003. PMID 12952870.
FLORES, R.; HERNÁNDEZ, C.; MARTÍNEZ DE ALBA, AE., et al. Viroids and viroid-host interactions.. Annu Rev Phytopathol. 2005, roč. 43, s. 117–39. Dostupné online. DOI 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243. PMID 16078879.
GOPINATH, SC.; MATSUGAMI, A.; KATAHIRA, M., et al. Human vault-associated non-coding RNAs bind to mitoxantrone, a chemotherapeutic compound.. Nucleic Acids Res. 2005, roč. 33, čís. 15, s. 4874–81. DOI 10.1093/nar/gki809. PMID 16150923.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[Gribaldo-2006-1] GRIBALDO, S.; BROCHIER-ARMANET, C. The origin and evolution of Archaea: a state of the art.. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. Jun 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1007–22. DOI 10.1098/rstb.2006.1841. PMID 16754611.

[Gillet-2001-2] GILLET, R.; FELDEN, B. Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue.. Mol Microbiol. Nov 2001, roč. 42, čís. 4, s. 879–85. PMID 11737633.

[Gueneau_de_Novoa-2004-3] GUENEAU DE NOVOA, P.; WILLIAMS, KP. The tmRNA website: reductive evolution of tmRNA in plastids and other endosymbionts.. Nucleic Acids Res. Jan 2004, roč. 32, čís. Database issue, s. D104-8. DOI 10.1093/nar/gkh102. PMID 14681369.

[Thore-2003-4] THORE, S.; MAYER, C.; SAUTER, C., et al. Crystal structures of the Pyrococcus abyssi Sm core and its complex with RNA. Common features of RNA binding in archaea and eukarya.. J Biol Chem. Jan 2003, roč. 278, čís. 2, s. 1239–47. DOI 10.1074/jbc.M207685200. PMID 12409299.

[Kiss-2001-5] KISS, T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs.. EMBO J. Jul 2001, roč. 20, čís. 14, s. 3617–22. DOI 10.1093/emboj/20.14.3617. PMID 11447102.

[Jones--6] JONES, TA.; OTTO, W.; MARZ, M., et al. A survey of nematode SmY RNAs.. RNA Biol. Roč. 6, čís. 1, s. 5–8. PMID 19106623.

[Alfonzo-1997-7] ALFONZO, JD.; THIEMANN, O.; SIMPSON, L. The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria.. Nucleic Acids Res. Oct 1997, roč. 25, čís. 19, s. 3751–9. PMID 9380494.

[Pannucci-1999-8] PANNUCCI, JA.; HAAS, ES.; HALL, TA., et al. RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active.. Proc Natl Acad Sci U S A. Jul 1999, roč. 96, čís. 14, s. 7803–8. PMID 10393902.

[Woodhams-2007-9] WOODHAMS, MD.; STADLER, PF.; PENNY, D., et al. RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor.. BMC Evol Biol. 2007, roč. 7 Suppl 1, s. S13. DOI 10.1186/1471-2148-7-S1-S13. PMID 17288571.

[Perreault-2007-10] PERREAULT, J.; PERREAULT, JP.; BOIRE, G. Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification.. Mol Biol Evol. Aug 2007, roč. 24, čís. 8, s. 1678–89. Dostupné online. DOI 10.1093/molbev/msm084. PMID 17470436.

[Lustig-1999-11] LUSTIG, AJ. Crisis intervention: the role of telomerase.. Proc Natl Acad Sci U S A. Mar 1999, roč. 96, čís. 7, s. 3339–41. PMID 10097039.

[Brantl-2002-12] BRANTL, S. Antisense-RNA regulation and RNA interference.. Biochim Biophys Acta. May 2002, roč. 1575, čís. 1–3, s. 15–25. PMID 12020814.

[Brantl-2007-13] BRANTL, S. Regulatory mechanisms employed by cis-encoded antisense RNAs.. Curr Opin Microbiol. Apr 2007, roč. 10, čís. 2, s. 102–9. DOI 10.1016/j.mib.2007.03.012. PMID 17387036.

[Brouns-2008-14] BROUNS, SJ.; JORE, MM.; LUNDGREN, M., et al. Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes.. Science. Aug 2008, roč. 321, čís. 5891, s. 960–4. DOI 10.1126/science.1159689. PMID 18703739.

[Lin-2006-15] LIN, SL.; MILLER, JD.; YING, SY. Intronic microRNA (miRNA).. J Biomed Biotechnol. 2006, roč. 2006, čís. 4, s. 26818. DOI 10.1155/JBB/2006/26818. PMID 17057362.

[fruitfly_piRNA-16] Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, s. 1265–72. DOI 10.1016/j.cub.2007.06.030. PMID 17604629. (anglicky)

[17] Ghildiyal M, Zamore PD. Small silencing RNAs: an expanding universe. Nat. Rev. Genet.. February 2009, s. 94–108. DOI 10.1038/nrg2504. PMID 19148191. (anglicky)

[Ahmad-2002-18] AHMAD, K.; HENIKOFF, S. Epigenetic consequences of nucleosome dynamics.. Cell. Nov 2002, roč. 111, čís. 3, s. 281–4. PMID 12419239.

[Desset-2008-19] DESSET, S.; BUCHON, N.; MEIGNIN, C., et al. In Drosophila melanogaster the COM locus directs the somatic silencing of two retrotransposons through both Piwi-dependent and -independent pathways.. PLoS One. 2008, roč. 3, čís. 2, s. e1526. DOI 10.1371/journal.pone.0001526. PMID 18253480.

[Boeke-2003-20] BOEKE, JD. The unusual phylogenetic distribution of retrotransposons: a hypothesis.. Genome Res. Sep 2003, roč. 13, čís. 9, s. 1975–83. DOI 10.1101/gr.1392003. PMID 12952870.

[Flores-2005-21] FLORES, R.; HERNÁNDEZ, C.; MARTÍNEZ DE ALBA, AE., et al. Viroids and viroid-host interactions.. Annu Rev Phytopathol. 2005, roč. 43, s. 117–39. Dostupné online. DOI 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243. PMID 16078879.

[Gopinath-2005-22] GOPINATH, SC.; MATSUGAMI, A.; KATAHIRA, M., et al. Human vault-associated non-coding RNAs bind to mitoxantrone, a chemotherapeutic compound.. Nucleic Acids Res. 2005, roč. 33, čís. 15, s. 4874–81. DOI 10.1093/nar/gki809. PMID 16150923.