Pegas (balíček programu R)

pegas (zkratka pro anglický název Population and Evolutionary Genetics Analysis System) je balík pro fylogenetické analýzy pro prostředí R[1].

Tento balík poskytuje funkce pro čtení, psaní, kreslení, analýzu a manipulaci s alelickými a haplotypickými daty včetně souborů VCF, a pro analýzu populačních nukleotidových sekvencí (jednonukleotidový polymorfismus, SNP) a mikrosatelitů (pro ně navíc balík obsahuje různé datasety, např. jaguárů) včetně koalescenčních analýz, populační struktury (Fst, Amova) a Hardyho-Weinbergovy rovnováhy (HWE), haplotypových sítí, minimálních koster stromu a sítí, stejně jako sítí podle algoritmu median-joining. Rovněž je možné testovat a manipulovat s fázovanými genotypy. S tímto balíkem je také možné manipulovat s geografickými souřadnicemi. Pro kódování fylogenezí a DNA sekvencí používá strukturu dat balíku ape.

Reference

PARADIS, E. pegas: an R package for population genetics with an integrated-modular approach. Bioinformatics. 2010-01-14, roč. 26, čís. 3, s. 419–420. Dostupné online [cit. 2018-08-07]. ISSN 1367-4803. DOI 10.1093/bioinformatics/btp696.

Externí odkazy

Domovská stránka (anglicky)

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] PARADIS, E. pegas: an R package for population genetics with an integrated-modular approach. Bioinformatics. 2010-01-14, roč. 26, čís. 3, s. 419–420. Dostupné online [cit. 2018-08-07]. ISSN 1367-4803. DOI 10.1093/bioinformatics/btp696.